Articles

Found 2 Documents
Search

Bioinformatics Study Genes Encoding Enzymes Involved in the Biosynthesis of Carotenoids Line Cassava (Manihot esculenta) Putri, Dwi Hilda; Anika, Mutia; Wahyuni, Wahyuni
EKSAKTA: Berkala Ilmiah Bidang MIPA Vol 20 No 1 (2019): EKSAKTA : Berkala Ilmiah Bidang MIPA
Publisher : Pusat Kajian Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Fakultas MIPA Universitas Negeri Padang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1015.879 KB) | DOI: 10.24036/eksakta/vol20-iss1/161

Abstract

Singkong (Manihot esculenta) adalah salah satu tanaman pangan yang mengandung karbohidrat tinggi dan digunakan sebagai bahan baku berbagai industri. Singkong juga mengandung beberapa jenis protein, termasuk beta-karoten. Namun, beberapa tanaman juga mengandung berbagai tingkat beta-karoten. Beta-karoten adalah salah satu kelompok karoten yang berfungsi sebagai prekursor vitamin A. Penelitian bioinformatika ini bertujuan untuk menentukan persamaan dan perbedaan dalam gen penyandi enzim yang terlibat dalam jalur biosintesis karotenoid dalam singkong dengan beberapa tanaman yang mengandung beta-karoten dari sekuens nukleotida dan pengkodean protein gen karotenoid (Lcy α dan Lcy β). Data tentang urutan nukleotida dan protein diperoleh melalui database NCBI. Kesamaan dan perbedaan dalam data nukleotida dan urutan protein terlihat dari pohon filogenetik menggunakan program MEGA 7.0. Berdasarkan gen nukleotida, Lcy α Manihot esculenta dengan beberapa tanaman yang mengandung beta-karoten tidak berhubungan. Berdasarkan urutan protein nukleotida pohon filogenetik Lcy α dan Lcy β Manihot esculenta dengan beberapa tanaman yang mengandung beta-karoten ada perbedaan
Primer Design For Identification Of Beta-Carotene Encoding Genes In Cassava anika, mutia; Putri, Dwi Hilda; Wahyuni, Wahyuni
Serambi Biologi Vol 4, No 1 (2019): BIOLOGY
Publisher : Universitas Negeri Padang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Primers are oligonucleotides which have an important role in the PCR process. To get the primer can be done by doing a primary design. Beta-carotene encoding genes are genes that play a role in the formation of beta-carotene in carotenoid biosynthetic pathways in several plants including cassava. This study aims to obtain primers who can identify beta-carotene encoding genes in cassava plants. Primers are designed using primary 3 plus software online. The results obtained were five specific primers, namely PSY, CRTISO, LCY α, LCY β, and BCH primers which could identify beta-carotene coding genes such as PSY, CRTISO, LCY α, LCY β, and BCH on cassava. Primers designed according to the criteria for primary length, GC content and temperature melting for beta-carotene encoding genes in cassava.