Articles

Found 29 Documents
Search

GENETIC DIVERSITY AND THE RELATIONSHIP BETWEEN THE INDONESIAN MANGOSTEEN (GARCINIA MANGOSTANA) AND THE RELATED SPECIES USING ISOZYME MARKERS Sinaga, Soaloon; Sobir, Sobir; Poerwanto, Roedhy; Aswidinnoor, Hajrial; Duryadi, Dedy
Jurnal Natur Indonesia Vol 13, No 1 (2010)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (97.331 KB) | DOI: 10.31258/jnat.13.1.53-58

Abstract

Indonesia was known to have high diversity of mangosteens (Garcinia mangostana) and the related species. Inorder to elucidate the genetics variability of the diversity, thirty three accessions were examined by using isozymeanalysis. The genetic diversity and relationships among several mangosteens and other Garcinia sp wereestablished by using four isozymes. The level of polymorphism as revealed by isoenzyme was 88%. Althoughmangosteen is believed to reproduce exclusively through apomixis, our result show that considerable geneticdiversity exists within G. mangostana and between other Garcinia species. Based on 27 bands there were 5-42%dissimilarity level among mangosteen accessions, while the other species has 75% dissimilarity. The dendrogramis built based on isozyme marker analysis to separate clusters of mangosteen and other Garcinia sp. The datashowed that G. mangostana is a close relative of G. malaccensis, G. porrecta, G. celebica, and G. hombroniana. Theconcurrence analysis on isozyme analysis result showed the very good fit of Rolf correlation value (0.914). Thisresult indicated that isozymes could group G.mangostana and the related species.
PROFIL RESIDU INSEKTISIDA ORGANOFOSFAT DI KAWASAN PRODUKSI BAWANG MERAH (ALLIUM ASCALONICUM L.) KABUPATEN BREBES JAWA TENGAH Nining, Euis; Nazli, Rizal Sjarief Sjaiful; Mas?ud, Zainal Alim; Machfud, Machfud; Sobir, Sobir
Jurnal Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan (Journal of Natural Resources and Environmental Management) Vol. 9 No. 4 (2019): Jurnal Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan
Publisher : Graduate School Bogor Agricultural University (SPs IPB)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29244/jpsl.9.4.999-1009

Abstract

Excessive use of pesticides can have an impact on the environment, including the loss of pesticide residues in soil and agricultural products. The purpose of this study was to determine the spreading of organophosphate pesticide residues in the shallot production area of  Brebes Regency, Central Java. Research locations were two districts selected by purposive sampling based on production area, namely Kersana and Wanasari Districts. Organophosphate compounds analyzed include chlorpyrifos, paration, profenofos, diazinon, fenitrotion, metidation and malation. Organophosphate residue analysis was carried out on seven soil samples and seven shallot products. Pesticide residue analysis was carried out using the standard method by using a gas chromatography device with an electron capture detector. Based on analysis, seven residues of organophosphate pesticides were chlorpyrifos, paration, profenofos, diazinon, fenitrotion, metidation and malation, spread in Kersana District, and six  pesticides residues (except profenofos) spread in Wanasari District. In soil samples, the highest residues obtained in two districts were chlorpyrifos compounds, chlorpyrifos compounds in Kersana District was higher than Wanasari District. In the shallot sample, the highest residues in two districts are diazinon compounds, diazinon compounds in the sample of Kersana District was  higher than Wanasari District. There were  several samples of shallot product contained organophosphate residue  exceed the maximum concentration of residual limit (RML).
Deteksi Virus pada Bawang Merah (Allium cepa var. ascalonicum) dengan Metode Dot Immuno Binding Assay Wulandari, Astri W; Hidayat, S H; Sobir, Sobir
Jurnal Hortikultura Vol 25, No 4 (2015): Desember 2015
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v25n4.2015.p350-356

Abstract

Bawang merah umumnya diperbanyak secara vegetatif menggunakan umbi. Bibit unggul bawang merah ditentukan antara lain oleh status kesehatan benihnya termasuk bebas dari infeksi virus. Penyakit yang disebabkan oleh virus yang bersifat tular umbi merupakan salah satu kendala dalam meningkatkan produksi bawang merah. Penelitian bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis virus terbawa umbi pada beberapa varietas bawang merah yang berasal dari Jawa Tengah (Brebes) dan Jawa Barat (Cirebon, Kuningan, Majalengka, Bandung), yaitu Bima Curut, Bima Brebes, Sumenep, Jawa, Batu Merah, Batu Putih, Nganjuk, Timur Carwan, Ilokos, dan Jalaksana. Deteksi virus dilakukan dengan metode dot immuno binding assay (DIBA) menggunakan antibodi spesifik. Deteksi virus pada umbi bawang dilakukan dengan dua teknik, yaitu deteksi langsung dari umbi dan deteksi daun muda yang diambil dari umbi yang ditumbuhkan selama 30 hari. Hasil deteksi menunjukkan adanya infeksi onion yellow dwarf virus (OYDV), shallot latent virus (SLV), dan garlic common latent virus (GCLV) dengan infeksi tertinggi OYDV dan SLV. Infeksi virus lebih banyak terdeteksi dari sampel daun muda dibandingkan dengan dari sampel umbi. Infeksi virus tertinggi ditemukan pada sampel umbi varietas Nganjuk, Batu Putih, Jawa, dan Sumenep asal Majalengka, Kuningan, dan Bandung.
Pengembangan Marka Molekuler yang Berasosiasi Dengan Kekuatan Dinding Sel Penyusun Saluran Getah Kuning Pada Manggis Aryantri, Risa; Miftahudin, Miftahudin; Sobir, Sobir
Jurnal Hortikultura Vol 24, No 1 (2014): Maret 2014
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v24n1.2014.p16-22

Abstract

Salah satu masalah utama dalam peningkatan kualitas buah manggis ialah pencemaran buah oleh getah kuning akibat pecahnya sel penyusun saluran getah kuning. Seleksi buah manggis untuk mendapatkan buah bebas getah kuning dapat dibantu dengan memanfaatkan marka molekuler terpaut karakter kekuatan dinding sel penyusun saluran getah kuning. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pusat Kajian Hortikultura Tropik (PKHT), Institut Pertanian Bogor Jawa Barat, pada Bulan Mei 2012 sampai dengan April 2013. Penelitian ini bertujuan mengembangkan marka molekuler yang berasosiasi dengan sifat kekuatan dinding sel penyusun saluran getah kuning pada manggis. Sebanyak 39 aksesi Garcinia mangostana L. koleksi Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, Sumatera Barat dan hasil koleksi dari Desa Leuwiliang, Jawa Barat digunakan dalam penelitian ini. Dua pasang primerdikembangkan dari sekuen gen kekuatan dinding sel manggis dengan teknik tersarang (nested PCR). Amplifikasi DNA dilakukan dengan teknik PCR standar. Hasil amplifikasi DNA menunjukkan satu pita DNA berukuran ± 260 pb yang polimorf antara tanaman dengan buah tercemar getah kuning dan tidak tercemar getah kuning. Pita tersebut berasosiasi dengan sifat kekuatan dinding sel penyusun saluran getah kuning.
Daya Gabung dan Aksi Gen pada Karakter Buah dan Hasil dari Populasi Setengah Dialel Lima Genotipe Pepaya (Carica papaya L.) Budiyanti, Tri; Sobir, Sobir; Wirnas, Desta; Sunyoto, Sunyoto
Jurnal Hortikultura Vol 25, No 4 (2015): Desember 2015
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v25n4.2015.p278-293

Abstract

Salah satu masalah dalam perakitan varietas hibrida, yaitu memilih tetua yang mempunyai daya gabung tinggi. Untuk menghasilkan hibrida F1 pepaya dengan kualitas dan produksi yang tinggi diperlukan informasi daya gabung yang tinggi antartetua.  Penelitian bertujuan mengetahui daya gabung umum (DGU) dan daya gabung khusus (DGK) untuk mendukung program perbaikan genetik varietas pepaya. Pendugaan DGU dan DGK  menggunakan populasi setengah dialel lima genotipe pepaya. Lima tetua pepaya yang dipergunakan, yaitu BT2, Carmina, Dampit, Carmida, and Merah Delima. Penelitian  menggunakan rancangan kelompok lengkap teracak (RKLT) dengan tiga ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter  bobot buah, panjang buah, dan kekerasan daging dikendalikan oleh aksi gen aditif. Tetua Dampit  dapat dipilih sebagai tetua dengan DGU terbaik untuk karakter tersebut. Karakter tebal daging, PTT, jumlah buah, produksi per pohon, dan persentase buah cacat dikendalikan oleh aksi gen nonaditif karena efek DGK dan ragam nonaditif lebih besar daripada efek DGU dan ragam aditif. Hibrida Carmina x Carmida  mempunyai  nilai DGK dan rata-rata yang tinggi untuk karakter tebal daging dan PTT. Hibrida BT2 x Dampit, Carmina x Dampit, Dampit x Merah Delima, dan Dampit x Merah Delima  mempunyai DGK dan rerata yang tinggi untuk karakter produksi per pohon. Pasangan kombinasi hibrid F1 tersebut dapat berpotensi untuk  dipilih sebagai varietas unggul  hibrida pepaya dengan keunggulan produksi buah yang tinggi. Calon varietas unggul baru pepaya tersebut   dapat dikembangkan di masyarakat sehingga akan meningkatkan produksi pepaya di Indonesia.
Analisis Keragaman Genetik Manggis dalam Satu Pohon Noorrohmah, S; Sobir, Sobir; Effendi, Darda
Jurnal Hortikultura Vol 25, No 2 (2015): Juni 2015
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v25n2.2015.p106-112

Abstract

Manggis (Garcinia mangostana) termasuk dalam kelompok Garcinia, merupakan tanaman asli dari Asia Tenggara. Manggis memiliki sistem reproduksi melalui mekanisme apomiksis yang bijinya terbentuk tanpa fertilisasi. Manggis termasuk tanaman apomiksis obligat, progeni yang dihasilkan akan memiliki kesamaan genotip dengan tanaman induk. Namun kenyataan di lapangan menunjukkan adanya keragaman genetik antaraksesi manggis. Penelitian bertujuan mengetahui keragaman morfologi dan genetik dalam satu pohon. Sampel tanaman yang digunakan berasal dari empat generasi manggis (P1, P2, P3, dan P4) Wanayasa, Purwakarta. Pengambilan sampel berdasarkan ketinggian tanaman dan masing-masing ketinggian dibagi menjadi empat sektor (utara, timur, selatan, dan barat). Penelitian meliputi tiga analisis, yaitu morfologi, molekuler dengan ISSR, dan data. Hasil penelitian menunjukkan terdapat keragaman morfologi dan genetik dalam satu pohon. Keragaman morfologi lebih besar dari pada genetik. Tingkat keragaman morfologi sebesar 18–43%, sedangkan keragaman genetik adalah 2–17%.
Keragaman Genetik Plasma Nutfah Rambutan di Indonesia Berdasarkan Karakter Morfologi Kuswandi, Kuswandi; Sobir, Sobir; Suwarno, Willy Bayuardi
Jurnal Hortikultura Vol 24, No 4 (2014): Desember 2014
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v24n4.2014.p289-298

Abstract

Rambutan merupakan tanaman menyerbuk silang sehingga secara alami memiliki keragaman tinggi. Penelitian bertujuan mempelajari kemiripan genetik dan pengelompokan aksesi plasma nutfah rambutan (Nephelium lappaceum) dan kapulasan (Nephelium ramboutan-ake) di Indonesia berdasarkan karakteristik morfologi. Penelitian dilakukan di (1) Kebun Percobaan (KP) Aripan Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, (2) KP Subang Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, (3) KP Cipaku Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Jawa Barat, dan (4) Kabupaten Limapuluh Kota (Sumatera Barat), pada bulan Juni 2013 sampai Februari 2014. Karakterisasi sifat morfologi dilakukan terhadap 29 aksesi rambutan dan empat aksesi kapulasan mengacu pada descriptor for rambutan yang diterbitkan IPGRI. Perhitungan koefisien ketidakmiripan antaraksesi dilakukan dengan metode Gower. Analisis nominal logistic biplot dilakukan untuk melihat sifat penciri dari suatu kumpulan aksesi. Analisis keragaman genetik dapat membedakan kelompok rambutan dan kapulasan dengan koefisien ketidakmiripan rerata sekitar 55%. Berdasarkan kerapatan tandan, rambutan dapat dikelompokkan menjadi lima kelompok, yaitu aksesi yang memiliki tandan sangat jarang, jarang, sedang, rapat, dan sangat rapat. Aksesi dengan tandan rapat sampai sangat rapat antara lain aksesi Gendut Kair, Tangkue, dan Aceh Gendut, sedangkan semua aksesi kapulasan memiliki tandan yang sangat jarang. Berdasarkan ketebalan kulit buah, semua aksesi rambutan memiliki ketebalan kulit sedang sampai tebal, sedangkan aksesi Sibabat diketahui memiliki kulit yang sangat tebal.
Identifikasi Morfologi dan Marka Molekuler Terpaut Sifat Tidak Berbunga Jantan Pada Mutan Pisang Kepok Nettyani, Naipospos; Miftahudin, Miftahudin; Sobir, Sobir
Jurnal Hortikultura Vol 24, No 1 (2014): Maret 2014
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v24n1.2014.p23-31

Abstract

Salah satu masalah dalam pengembangan produksi pisang ialah penyakit darah. Infeksi penyakit ini dapat dikurangi dengan menanam pisang kepok mutan tidak berbunga jantan. Penerapan teknik kultur jaringan dapat menyediakan benih seragam secara cepat dan dalam waktu yang singkat. Namun, penggunaan teknik kultur jaringan dapat menginduksi variasi somaklonal. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian tentang stabilitas genetik dan keseragaman morfologi pada benih hasil kultur jaringan. Penelitian dilakukan dari Bulan Agustus 2012 sampai Mei 2013. Identifikasi morfologi pisang dilaksanakan di Kebun Koleksi PKHT Ciomas, Bogor. Analisis molekuler dilaksanakan di Laboratorium Molekuler PKHT. Penelitian bertujuan mempelajari karakter morfologi mutan pisang kepok Unti Sayang tidak berbunga jantan dan mengidentifikasi marka molekuler terpaut sifat tidak berbunga jantan. Identifikasi karakter morfologi dari 24 sampel tanaman dilakukan menggunakan panduan deskriptor dari International Plant Genetic Research Institute. Identifikasi marka  molekuler dilakukan berdasarkan teknik PCR, menggunakan 20 primer RAPD, 12 primer ISSR, serta primer gen Pistillata, dan Agamous yang didesain berdasarkan informasi database sekuen DNA Musa acuminata yang terdapat di gene bank. Hasil pengamatan menunjukkan tidak ada variasi morfologi antara tipe liar, tanaman mutan, dan tanaman mutan yang kembali berbunga jantan, kecuali ada atau tidaknya bunga jantan. Analisis PCR dari 24 sampel tanaman menggunakan 20 primer RAPD dan 12 primer ISSR berturut-turut menghasilkan 379 dan 216 pita yang seragam. Hal yang sama juga ditemukan dari hasil amplifikasi DNA menggunakan primer Pistillata dan Agamous yang menghasilkan pita tunggal pada semua sampel. Analisis sekuen fragmen PCR hasil amplifikasi dengan primer gen Pistillata menunjukkan terdapat tiga nukleotida yang berbeda antara tipe liar dan tanaman mutan yang kembali berbunga jantan pada posisi 445, 461, dan 507.
Review: Fitokimia genus Baccaurea spp. Gunawan, Gunawan; Chikmawati, Tatik; Sobir, Sobir; Sulistijorini, Sulistijorini
Bioeksperimen: Jurnal Penelitian Biologi Vol 2, No 2: September 2016
Publisher : Universitas Muhammadiyah Surakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.23917/bioeksperimen.v2i2.2488

Abstract

Genus BaccaureaLour. adalah salah satu anggota dari famili Phyllanthaceae, merupakan genus yang cukup besar dengan anggota mencapai 43 spesies. Pada pengobatan tradisional genus Baccaurea telah dimanfaatkan masyarakat untuk mengobati  sembelit, pembengkakan pada mata, radang sendi, abses, sakit perut, memperlancar haid serta buang air kecil. Beberapa anggota genus Baccaureamemiliki potensi sebagai tumbuhan obat karena mengandung metabolit sekunder seperti alkaloid, flavonoid, karotenoid, antosianin, tanin, asam rosmarinik dan fenolik. Kandungan metabolit sekunder tersebut berpotensi sebagai antioksidan, antikanker, antimikroba, antidiabetes, antiinflamasi, antitripanosoma. B. ramiflora, B. lanceolata, B. macrocarpa, B. angulata, B. motleyana, B. brevipes, B. hookeri, B.recemosa, B. sapida, B. polyneura, B.parviflora dan B.dulcis adalah anggota genus Baccaurea yang berpotensi sebagai tumbuhan obat.
ANALISIS PERUBAHAN POLA GENETIK EMPAT GENERASI MANGGIS (Garcinia mangostana L.) BERDASARKAN MARKA ISSR [Analysis of Genetic Pattern Changes among Four Generations of Mangosteen (Garcinia mangostana L.) Based on ISSR Marker] Noorrohmah, Siti; Sobir, Sobir; Efendi, D.
BERITA BIOLOGI Vol 11, No 1 (2012)
Publisher : Research Center for Biology-Indonesian Institute of Sciences

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (275.408 KB) | DOI: 10.14203/beritabiologi.v11i1.1880

Abstract

Mangosteen reproduces trough apomixes mechanism, from which the seed develops without fertilization. Mangosteen is an obligate apomicts and it is believed that all of its progenies may have the same genotype as their mother plant. However it was found that genetic variations occured among mangosteen accessions. This research is aimed to study of genetic changing among generations mangosteen. The plant materials used were four generations (P1, P2, P3, and P4) of mangosteen taken from Wanayasa, Purwakarta.The samples were selected according to tree height and taken from each sector (north, east, south, and west). Genetic observations were conducted using Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) technique. Ten primers were used to amplify the genomic DNA of mangosteen. It was found that the genetics pattern differed among tree of different age. More variation was observed on the older mangosteen tree.This information may be useful to determine the optimum age of mangosteen for becoming mother plant.