Articles

Found 37 Documents
Search

POTENSI GEN ONCOPROTEIN HUMAN PAPILLOMAVIRUS TIPE 16 SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN KANKER SERVIKS Taupiqurrohman, Opik; Yusuf, Muhammad; Nuswantara, Sukma; Subroto, Toto
Majalah Kedokteran Bandung Vol 48, No 2 (2016)
Publisher : Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15395/mkb.v48n2.761

Abstract

Kanker serviks menduduki peringkat dua besar penyebab kematian pada wanita dengan jumlah penderita meningkat setiap tahunnya. Kanker ini banyak diakibatkan oleh infeksi human papillomavirus (HPV) dan tipe prevalensi terbesar di Indonesia adalah tipe HPV 16. Vaksin HPV telah dikembangkan dan diproduksi secara komersial, namun perlu dicari alternatif lain vaksin dengan basis gen penyandi E (early) protein. Gen E6 dan E7 merupakan onkogen penting pada proses terjadinya kanker serviks. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Kimia Komputasi dan Bioinformatika, Universitas Padjadjaran, dari bulan Desember 2015 sampai Februari 2016. Pada studi ini, penemuan kandidat vaksin peptida HPV dilakukan dengan pendekatan imunoinformatika. Analisis in silico HPV tipe 16 menunjukkan bahwa gen E7 merupakan sumber kandidat vaksin yang potensial karena tidak homolog dengan genom manusia dan diprediksi memiliki afinitas yang baik terhadap major histocompability complex (MHC). Hasil analisis in silico menunjukkan bahwa kandidat vaksin HPV dari gen E7 adalah peptida YMLDLQPET dan HVDIRTLEDLLMGTL. [MKB. 2016;48(2):84?91]Kata kunci: HPV tipe 16, imunoinformatika, in silico, kanker serviksHuman Papillomavirus Type 16 Oncoprotein Genes as the Candidate of Cervical Cancer VaccineCervical cancer is the second largest cause of death for Indonesian women, with increasing number of cases every year. This cancer is mostly caused by human papillomavirus (HPV) infection, in which HPV 16 is the most prevalent type in Indonesia. Although HPV vaccine has been developed and commercially available, the other alternative of vaccine based on E (early) gene is required. Genes of E6 and E7 are important oncogenes in the development of cervical cancer. This study was conducted at the Laboratory of Computational Chemistry and Bioinformatics, Universitas Padjadjaran, from December 2015 to February 2016. In this study, the candidates of HPV peptide vaccine were discovered using immunoinformatics method. In silico-analysis of HPV type 16, it  was shown gene E7 is not homologous with human genome and it is predicted to have a good affinity with major histocompability complex (MHC). Hence, it was proposed as a potential source of peptide vaccine. It is concluded that he candidates forHPV vaccine from E7 peptides are YMLDLQPET  and HVDIRTLEDLLMGTL. [MKB. 2016;48(2):84?91]Key words: Cervical cancer HPV 16, immunoinformatics, in silico
IMPLEMENTASI MODEL PEMBELAJARAN PADA OLAHRAGA PERMAINAN BOLATANGAN Rahayu, Rochmat; Subroto, Toto; Budiman, Didin
Physical Activity Journal Vol 1 No 2 (2020): Physical Activity Journal
Publisher : Fakultas Ilmu-ilmu Kesehatan, Universitas Jenderal Soedirman

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (544.087 KB) | DOI: 10.32424/1.paju.2020.2.1.2172

Abstract

Peer teaching adalah sebuah model pembelajaran yang dapat mengembangkan  aspek afektif seperti kerjasama, komunikasi dan mengembangkan rasa percaya diri sehingga Jumlah Waktu Aktif Belajar siswa dapat meningkat. penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi peningkatan Jumlah Waktu Aktif Belajar (JWAB) dalam pembelajaran bolatangan dengan menerapkan medel pembelajaran Peer Teaching. Metode menggunakan Penelitian Tindakan Kelas (PTK), di SMA AL-Musyawarah Lembang, dengan sampel 33 orang dan terdiri dari 14 siswa putra dan 19 siswa putri. Hasil penelitian secara umum menunjukan siswa bergerak secara aktif sehingga meningkatkan Jumlah Waktu Aktif Belajar (JWAB) yang ditunjukan dari motivasi tinggi pada saat terlibat dalam pembelajaran permainan bolatangan. Tutor dan siswa dapat meningkatkan kemampuan berkomunikasi dan berinteraksi dengan orang lain. Kesimpulan penelitian bahwa model peer Teaching dapat gunakan pada pembelajaran bolatangan, karena secara bertahap dapat meningkatkan nilai kerjasama, komunikasi, menyampaikan informasi dan mengembangkan rasa percaya diri sehingga Jumlah Waktu Aktif Belajar (JWAB) sebagai indikator bahwa siswa terlibat secara aktif selama pembelajaran juga meningkat.
SINTESIS PEPTIDA P251-9 BERGUGUS PELINDUNG DENGAN METODE SINTESIS PEPTIDA FASA PADAT FMOC/TBU MENGGUNAKAN ADITIF OKSIMA Hardianto, Ari; Subroto, Toto; Supratman, Unang
Jurnal Sains dan Terapan Kimia Vol 5, No 2 (2011)
Publisher : Jurnal Sains dan Terapan Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Peptida P25 merupakan epitop yang dapat dengan mudah mengaktivasisel T penolong. Sel T penolong teraktivasi berperan dalam aktivasi sel Buntuk membentuk antibodi. Peptida bahkan protein dapat dibuat denganmetode sintesis peptida fasa padat Fmoc/tBu menggunakan aditif HOBt.Namun sayangnya HOBt memiliki karakter yang mudah meledak. Padapenelitian ini telah berhasil disintesis bagian epitop P25 (peptida P251-9bergugus pelindung) yang memiliki tingkat kemurnian tinggi dan perolehan36,4% dengan metode sintesis peptida fasa padat Fmoc/tBu menggunakanaditif oksima pengganti HOBt.Kata kunci: Epitop, P251-9, sintesis peptida fasa padat Fmoc/tBu, oksima.
PRODUKSI DAN PEMURNIAN HUMAN EPIDERMAL GROWTH FACTOR (HEGF) REKOMBINAN MENGGUNAKAN METODE HEAT TREATMENT, FRAKSIONASI AMONIUM SULFAT DAN KROMATOGRAFI FILTRASI GEL Maksum, Iman Permana; Nabila, Alifa I.; Alpiansyah, Sunan M.; Sriwidodo, Sriwidodo; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 2 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v7.n2.22128

Abstract

Human Epidermal Growth Factor (hEGF) adalah suatu protein yang membantu dalam proses penyembuhan luka, dalam hal proses proliferasi, migrasi dan diferensiasi sel. Protein hEGF dengan tingkat kemurnian tinggi sangat diperlukan agar mencapai aktivitas yang maksimal untuk pengaplikasian sebagai protein terapeutik. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik hEGF rekombinan setelah pemurnian menggunakan metode heat treatment, fraksionasi amonium sulfat dan kromatografi filtrasi gel, dan menentukan kadar protein hEGF setelah dimurnikan dengan metode ELISA dan Lowry. Metode pertama yang digunakan pada penelitian ini adalah produksi protein hEGF skala fermentor pada sel inang E. coli. Hasil produksi kemudian disentrifugasi. Supernatan hasil ekspresi selanjutnya dipanaskan pada suhu 80°C kemudian disentrifugasi kembali dan diambil supernatannya. Supernatan lalu difraksionasi dengan garam amonium sulfat dan hasilnya disentrifugasi kembali lalu diambil endapannya. Endapan disuspensikan dalam larutan amonium bikarbonat yang selanjutnya dimasukkan ke dalam kolom filtrasi gel Sephadex G-25. Serapan dan konduktivitas dari tiap fraksi diukur. Hasil pemurnian dikarakterisasi dengan SDS-PAGE dan diukur kadar protein dengan ELISA dan Lowry. Hasil penelitian menunjukkan hEGF rekombinan dapat diproduksi pada skala fermentor menggunakan inang E. coli  BL21 (DE3) [pD881-PelB-hEGF] dengan perolehan sebesar 121,76 µg/mL dan dapat dimurnikan dengan menggunakan metode heat treatment, fraksionasi amonium sulfat, dan kromatografi filtrasi gel dengan tingkat kemurnian sebesar 66,11%.
SINTESIS TIGA PEPTIDA BERGUGUS PELINDUNG SEBAGAI PREKURSOR KOMPONEN VAKSIN INFLUENZA UNIVERSAL Subroto, Toto; Hardianto, Ari; Kahari, Abdul Alim; Pradnjaparamita, Tika
Jurnal Natur Indonesia Vol 15, No 2 (2013)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (533.702 KB) | DOI: 10.31258/jnat.15.2.84-91

Abstract

Current highly effective conventional vaccine to halt the spread of bird flu has not been invented yet because of susceptiblemutation of influenza virus. In spite of undergoing mutation which causes the amino acid sequence change, influenzaviruses maintain conservation at ectodomain of M2 protein, especially M2e(2-16) (SLLTEVETPIRNEW). The use ofconserved epitope M2e(2-16) in epitope-based vaccine potentially produces universal influenza vaccine. In designingepitope-based vaccine, the M2e(2-16) needs to be coupled with T helper epitope, P25, which is subsequently mentioned asM2e(2-16)-K-P25 (SLLTEVETPIRNEWGKKKL IPNASLIENCTKAEL). The M2e(2-16)-K-P25 was synthesized usingconvergent solid phase peptide synthesis strategy because of the size of the sequence. In this strategy, four peptideprecursors of M2e(2-16)-K-P25; SLLTEVETP (F1), IRNEWGK (F2), KLIPNASLI (F3), and ENCTKAEL (F4); were synthesizedin advance. After the precursors ready, coupling reaction was performed to obtain M2e(2-16)-K-P25. In the previousresearch, F3 has been obtained in high purity through Fmoc/tBu solid phase peptide synthesis method. In this conductedresearch, the three remaining precursors; F1, F2, and F4; were synthesized by the same method. Each peptide was analysedby thin layer chromatography, HPLC, and mass spectroscopy methods. F1, F2 and F4 were successfully synthesized andeach of them was detected at 1490.0, 1874.8 and 1881.9 amu, respectively. However, F1 was not possible to purify becauseof its insolubility in various solvents.
PENERAPAN MODEL PEMBELAJARAN LEARNING CYCLE 7E DALAM KEMAMPUAN REPRESENTASI MATEMATIS MAHASISWA Laelasari, Laelasari; Subroto, Toto; Karimah, Nurul Ikhsan
Euclid Vol 1, No 2 (2014): EDISI JULI
Publisher : Universitas Swadaya Gunung Jati.

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33603/e.v1i2.347

Abstract

Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen yang bertujuan untuk; (1) Mengetahui perbedaan kemampuan representasi matematis antara mahasiswa yang pembelajarannya menggunakan model pembelajaran learning cycle 7E dan pembelajaran konvensional. (2) Mengetahui peningkatan kemampuan representasi matematis pada mahasiswa yang pembelajarannya menggunakan model pembelajaran learning cycle 7E. Uji coba penelitian ini dilakukan di FKIP Unswagati Cirebon, sampel penelitian kelas D dan G mahasiswa semester II Program Studi Pendidikan Ilmu Ekonomi tahun akademik 2013/2014. Hasil penelitian diperoleh (1) Terdapat perbedaan rata-rata kemampuan representasi matematis antara mahasiswa yang pembelajarannya dengan menggunakan learning cycle 7E dengan pembelajaran secara konvensional.(2) Adanya peningkatan kemampuan representasi matematis yang signifikan pada mahasiswa yang pembelajarannya menggunakan learning cycle 7E. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa pembelajarannya menggunakan learning cycle 7E dapat meningkatkan kemampuan representasi mahasiswa.Kata Kunci: learning cycle 7E, representasi matematis,
STUDI MUTASI TITIK A3243G DNA MITOKONDRIA PENYEBAB MATERNALLY INHERITED DIABETES AND DEAFNESS Sriwidodo, .; Suprijana, O; Subroto, Toto; Maksum, Iman Permana
Pharmaceutical Sciences and Research (PSR) Vol 5, No 3 (2008)
Publisher : Directorate of Research and Community Engagement, Universitas Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (64.241 KB) | DOI: 10.7454/psr.v5i3.3426

Abstract

Point mutation of mitochondrial DNA A3243G has been known as a cause of Mater-nally Inherited Diabetes and Deafness (MIDD). Potency of MIDD can be identified from patient phenotype of Non Insulin Dependent Diabetes Mellitus (NIDDM). The objective of this study is acquiring information about MIDD on patient of NIDDM type and obtaining the simple method to detect the point mutation of mtDNA A3243G.50 NIDDM patients were attained from RSCM Hospital, Jakarta. Information con-cerning family history with NIDDM and existences of deafness, medication, and other complication and manifestation were obtained through interview and ques-tioner. Point mutation of A3243G was determined with the method of PCR Allele’s Specific Amplification (PASA) Mismatch 2 bases and PCR-Restriction Length Poly-morphism (PCR-RFLP) with the HaeIIl restriction enzyme. Detectable Potency MIDDwas found by perceiving the patient phenotype and identifying the mutation of heteroplasmic A3243G utilizing the PASA method.Key words: MIDD, A3243G, mtDNA, PASA, PCR-RFLP.
COMBINATION OF GENETIC MANIPULATION IMPROVED SACCHAROMYCOPSIS FIBULIGERA α-AMYLASE SECRETION BY PICHIA PASTORIS Gaffar, Shabarni; Natalia, Dessy; Subroto, Toto; Suprijana, Oo; Soemitro, Soetijoso
Indonesian Journal of Chemistry Vol 19, No 2 (2019)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/ijc.33140

Abstract

This study assessed the combinations of genetic manipulation; signal peptide modification, gene dosage increment and co-expression of folding component, to increase Saccharomycopsis fibuligera R64 ?-amylase (Sfamy) secretion in Pichia pastoris. Sfamy native signal peptide was replaced with modified signal peptide which contained 15 amino acid of mouse salivary ?-amylase signal peptide fused to the pro-region of the signal peptide of Saccharomyces cerevisiae ?-mating factor (?-MF). Increase in gene dosage was identified by screening for P. pastoris harboring multicopies of the Sfamy gene. Whereas, co-expression of folding component was done by addition of Protein Disulfide Isomerase (PDI). Expression plasmids harboring Sfamy containing modified signal sequence (pPICZA-MS-Sfamy) was used to transform P. pastoris GS115, and gene dosage increment was screened using zeocin. Effect of PDI co-expression on secretion levels of Sfamy was assessed by constructing the pPIC3.5K-Pdi1 plasmid and introducing into P. pastoris harboring multicopies of MS-Sfamy for expression of Sfamy. Signal peptide modification consequently increased Sfamy secretion by P. pastoris by 3.3-fold compared to native signal peptide. Gene dosage increment had improved Sfamy secretion by 11-fold in P. pastoris [MS-Sfamy] resistant to 2000 ?g/mL zeocin, compared to P. pastoris harboring one copy of WT-Sfamy. Hence, PDI co-expression increased the secretion of Sfamy by 2-fold as compared without PDI co-expression. In summary, the combination of genetic manipulation successfully increased Sfamy secretion by 20-fold compared to P. pastoris harboring one copy of WT-Sfamy.
PENGGUNAAN MODEL PEMBELAJARAN KOOPERATIF TIPE TEAMS GAMES TOURNAMENT (TGT) UNTUK MENINGKATKAN PEMAHAMAN MATEMATIS SISWA Subroto, Toto; Umayah, Siti
Euclid Vol 2, No 1 (2015): EDISI JANUARI
Publisher : Universitas Swadaya Gunung Jati.

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33603/e.v2i1.353

Abstract

ABSTIIAKPcnelitian ini bertujuan untuk mengetahui pembelajaran dengan menggunakan model pembelajnran koeperaiif tipe TOT dapat meningkatkan kcmampuan pcmahaman matemaus siswa. Penelitian ini dilaksanakan di SMP Negeri 1 Lemahabang Kabuparcn Cirebon. Populasi pada penelitian ini adalah seluruh slswa kelas VIII SMPNegeri I Lemahebang. Kelas yang djJttdikan sampel dalam penelitien Ini sebanyak 2 kelas dari 8 kelas yang ada dengan mengambil sampel secara purposif. Masing-masing kelas sebaayak 33 siswa, kelas VIII B sebagai kclas eksperimen dan kelas VIII C sebagai kelas kontrol. Hasil pcnelitian menunjukkan bahwa pembelajaran dengan meuggunakan model?pembelajaran kooperatif tipe TGT dapat meningkarkan kemampuan pemahaman matemaiis secara signifikan berdasarkan hasil uji hipotesis dengan menggunakan uji t yang nilainya 0.047 < 0,05. Secara deskriptif statistik juga dapat dilihal rata-rata peningkatan?pemahaman pada kelas eksperimen sebesar 0,45 dan peningkalan pemahaman pada kelas komrol sebesar 0,35.
SOYASAPONIN SEBAGAI ADJUVAN UNTUK MENINGKATKAN IMUNOGENISITAS VAKSIN INFLUENZA BERBASIS EPITOP M2e Idar, Idar; Subroto, Toto; Soemitro, Soetijoso
Chimica et Natura Acta Vol 3, No 1 (2015)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (267.422 KB) | DOI: 10.24198/cna.v3.n1.9173

Abstract

Indonesia menempati urutan pertama di dunia dalam kasus infeksi flu burung. Vaksin flu burung yang beredar saat ini masih berbasis hemaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA) yang mudah mengalami mutasi. Untuk mengatasi hal tersebut, dikembangkan vaksin influenza universal yang berbasis epitop virus influenza yang lestari yaitu M2e. Namun diperlukan adjuvan untuk meningkatkan imunogenisitas M2e. Soyasaponin adalah salah satu jenis saponin yang berpotensi dikembangkan sebagai adjuvan. Dalam penelitian ini, digunakan epitop M2e yang telah dimodifikasi, M2e2-16-K-P25 dan soyasaponin I sebagai adjuvannya. Efektivitas vaksin diuji terhadap mencit galur BALB/c. Respon antibodi M2e yang dihasilkan pada serum mencit diukur dengan ELISA Berdasarkan penelitian ini, soyasaponin I terbukti dapat meningkatkan immunogenisitas epitop M2e2-16-K-P25 dengan cukup baik.