Michael Haryadi Wibowo
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Bali

Published : 22 Documents
Articles

Found 22 Documents
Search

KARAKTERISASI GEN NON STRUKTURAL 1 (NSI) VIRUS AVIAN INFLUENZA PADA ISOLAT ITIK TAHUN 2013 Hidayanto, Nur Khusni; Asmara, Widya; Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Sain Veteriner Vol 33, No 2 (2015): Desember
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (770.282 KB) | DOI: 10.22146/jsv.17919

Abstract

Wabah avian influenza (AI) di Indonesia telah terjadi sejak akhir tahun 2003 dan masih terjadi secara endemis sampai sekarang. Pada akhir tahun 2012 terjadi kasus kematian yang cukup tinggi pada itik yang disebabkan penyakit AI subtipe H5N1 yang diklasifikasikan ke dalam clade 2.3.2, sedangkan virus AI sebelumnya diklasifikasikan pada clade 2.1.1, 2.1.2 dan 2.1.3. Salah satu yang berperan dalam virulensi penyakit AI adalah motif asam amino C-terminal protein nonstruktural1 (NS1). Analisis sekuens virus influenza terutama protein nonstruktural 1 (NS1) yang berasal dari unggas mempunyai motif asam amino ESEV pada Cterminal sedang pada virus influenza manusia mempunyai motif RSKV pada C-terminal. Data sekuen NS1 untuk virus AI terbaru belum lengkap sehingga perlu disekuen untuk melengkapi data molekuler NS1 virus AI.Residu C-terminal protein NS1 virus avian influenza subtype H5N1 perlu dikaji karena mempengaruhi patogenisitas dan virulensi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui motif asam amino pada C-terminal protein nonstruktural 1 (NS1) virus avian influenza yang menyerang itik pada tahun 2013. Sampel berasal dari kasus AI pada itik di Tulungagung dan Blitar pada tahun 2013. Isolasi virus menggunakan telur berembrio tertunas ayam. Identifikasi virus AI subtipe H5N1 menggunakan teknik reverse transcription polimerase chain reaction (RT-PCR) dengan primer H5 (Lee et al., 2001) dengan target amplifikasi 545 bp dan primer N1 (Payungporn et al., 2004) dengan target amplifikasi 131 bp. Amplifikasi gen NS1 menggunakan RT-PCR dengan 2 pasang primer (Bannet-Noah et al., 2007) yang didesain mengamplifikasi gen NS dan dilanjutkan proses sekuensing gen NS1. Sekuen yang diperoleh dianalisa dengan menggunakan software MEGA 5.05 yang meliputi multiple alignment, prediksi asam amino dan analisis pohon filogenetik. Hasil sekuen isolat diperoleh panjang nukleotida yang mengkode protein NS1 sepanjang 690 nt. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa ke lima isolat uji tidak berada satu grup dengan dengan isolat asal Indonesia tahun 2003- 2008 dan berdekatan dengan klaster virus AI yang berasal dari Asia clade 2.3.2. Pada semua isolat tahun 2013 ditemukan delesi asam amino pada posisi 80-84, substitusi asam amino D92E, asam amino 149 semua isolat mempunyai asam amino alanine (A), asam amino ke 196 ditemukan adanya variasi substitusi berupa lysine (K) dan glutamic acid (E) dan asam amino pada gen NS1 mempunyai motif ESEV pada posisi PDZ ligand.
DETEKSI MOLEKULER VIRUS INFECTIOUS BURSAL DISEASE (IBD) PADA SAMP L BURSA FABRISIUS YANG DIPEROLEH DARI AYAM TERDIAGNOSA PENYAKIT IBD Wibowo, Michael Haryadi; Fadiar, Radhian; Anggoro, Dito; Artanto, Sidna; Amanu, Surya; Wahyuni, Agnesia Endang Tri Hastuti
Jurnal Sain Veteriner Vol 33, No 2 (2015): Desember
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1648.66 KB) | DOI: 10.22146/jsv.17890

Abstract

Kasus penyakit Infectious Bursal Disease (IBD) dewasa ini masih sering ditemukan pada peternakan ayam komersial baik layer maupun broiler di Indonesia. Diagnosis penyakit IBD sejauh ini mengandalkan lesi patologik spesifik dan kultur in ovo dengan mengamati lesi makroskopis embrio, serta diidentifikasi dengan uji agar gel presipitasi (AGP). Penelitian ini bertujuan menerapkan diagnosis dengan teknik reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) dari sampel Bursa Fabrisius (BF) sebagai konfirmasi pada kasus terdiagnosa IBD. Deteksi serologis virus IBD dengan uji AGP dengan sumber antigen chorioallantoic membrane (CAM) dan embrionya, untuk melihat potensinya sebagai sumber antigen uji AGP. Sampel BursaFabrisius sebanyak 5 yang diperoleh pada kasus terdiagnosa IBD, dikoleksi dari peternakan ayam komersial di Yogyakarta. Konfirmasi diagnosis dilakukan dengan metode RT-PCR. Sampel positip uji RT-PCR yang mengamplifikasi fragmen gen VP2. Isolasi virus IBD yang dilakukan kultur in ovo pada telur ayam berembrio (TAB) antibodi negatif terhadap virus IBD, berumur 11 hari. Desposisi materi inokulasi dilakukan pada (CAM), diinkubasi selama lima hari. Panen virus dilakukan dengan mengkoleksi membran korioalantois dan embrio, selanjutnya diamati lesi makroskopis yang timbul akibat infeksi virus IBD. Membran korioalantois dan embrioselanjutnya digerus dan diproses sebagai suspensi antigen yang digunakan dalam uji AGP. Hasil uji RT-PCR terhadap lima sampel Bursa Fabrisius yang dikoleksi dari peternakan ayam terdiagnosa penyakit IBD, tiga sampel menunjukkan hasil positif teramplifikasi fragmen gen VP-2 virus IBD dengan produk amplifikasi sebesar 440 bp, sedangkan dua sampel sisanya menunjukkan hasil negatif. Uji AGP dengan sumber antigen CAM menunjukkan hasil positip 2 dari 3 sampel yang diuji, sedangkan sumber antigen embrio menunjukkanhasil negatif. Berdasarkan data yang diperoleh dalam penelitian ini dapat disimpulkan bahwa uji RT-PCR dapat digunakan dalam mendeteksi virus IBD dari sampel BF terdiagnosa IBD. Uji AGP dengan sumber antigen CAM menunjukkan hasil lebih baik dari pada embrionya.
PENENTUAN PATOGENESITAS MOLEKULER VIRUS NEWCASTLE DISEASE YANG DIISOLASI DARI AYAM KOMERSIAL TAHUN 2013-2016 Wibowo, Sarwo Edy; Wibowo, Michael Haryadi; Sutrisno, Bambang
Acta VETERINARIA Indonesiana Vol. 5 No. 2 (2017): Juli 2017
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (653.372 KB) | DOI: 10.29244/avi.5.2.105-119

Abstract

Newcastle Disease (ND) atau yang dikenal dengan ?Tetelo? masih menjadi masalah di peternakan unggas komersil, meskipun telah dilakukan vaksinasi ND secara rutin, namun wabah ND masih tetap terjadi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui patogenesitas molekuler dan genotipe virus ND berdasarkan analisis sekuen fragmen gen F, serta melihat hubungan kekerabatan antara isolat dalam penelitian dengan isolat ND di Indonesia sebelumnya serta strain vaksin pada peternakan ayam yang menerapkan vaksinasi ND secara berkala. Penelitian ini menggunakan primer yang didesain dengan konsensus fragmen gen F dari GenBank dan desain dengan aplikasi amplifX pada posisi 91-800 nt dengan panjang 710bp. Urutan basa pada primer kemudian di cek dengan BLAST primer dan di uji spesifisitas dengan beberapa virus penyakit unggas yaitu vaksin infectious bronchitis (IB) 120, virus vaksin infectious laryngotracheitis (ILT), virus vaksin avian influenza (AI), dan virus vaksin infectious bursal disease (IBD). Delapan sampel paru diperoleh dari delapan peternakan ayam komersial di Yogyakarta, Semarang, Jakarta, Magelang dan Muntilan. Tiga sampel diisolasi pada telur ayam berembrio dan diidentifikasi menggunakan uji HA dan HI. Lima sampel lain dilakukan ekstraksi secara langsung dari gerusan organ paru. Sampel di identifikasi dengan metode reverse transciptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) untuk mendeteksi gen F menggunakan  primer forward 5? TCT CTT GAT GGC AGG CCT CTT G ?3 dan reverse 5? CCG CTA CCG ATT AAT GAG CTG AGT?3 dengan panjang produk 710 bp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh sampel positif virus ND. Analisis hasil sekuen dengan menggunakan perangkat lunak MEGA v.7 didapatkan susunan asam amino penyusun cleavage site 112RRQKR?F117 dan 112RRRKR?F117yang menunjukkan bahwa virus ND tersebut digolongkan strain velogenik. Berdasarkan analisis pohon filogenetik isolat ND-Layer/GK-SR1/2013, ND-Lay/Pullet-80/ 27/16 (N), ND-Bro/Lingga 2L/24/2 (N), dan ND-Lay/Smg-P/2015 merupakan genotip VIIi, sedangkan 3 isolat ND yaitu ND-Bro/Yog-P/2015, JKT/P1/2016 (Jakarta), dan JKT/P2/2016 (Jakarta) merupakan ND genotip VIIh. Jarak genetik isolat yang diteliti dengan virus ND Indonesia yang pernah dilaporkan sebelumnya pada fragmen gen F posisi 91-798 berkisar 0,4 ? 9,6 % dengan tingkat homologi mencapai 90,4 ? 99,5%.
ANALISIS FRAGMEN GEN VP-2 VIRUS INFECTIOUS BURSAL DISEASES YANG DIISOLASI DARI PETERNAKAN AYAM KOMERSIAL Wibowo, Michael Haryadi; Anggoro, Dito; Wibowo, Sarwo Edy; Santosa, Purnama Edy; Amanu, Surya; Asmara, Widya
Acta VETERINARIA Indonesiana Vol. 5 No. 1 (2017): Januari 2017
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (378.584 KB) | DOI: 10.29244/avi.5.1.47-56

Abstract

Infectious Bursal Disease (IBD) adalah penyakit virus yang bersifat akut dan infeksius serta menyerang pada unggas muda yang berumur kurang dari 4 bulan. Sejauh ini data molekuler virus IBD isolat Indonesia sangat minim, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengarakterisasi gen VP-2 virus IBD yang telah ada di Indonesia. Sampel penelitian diperoleh dari kasus terdiagnosa IBD yang terjadi di peternakan ayam komersial broiler dan layer. Sampel Bursa dipersiapkan untuk dilakukan isolasi menggunakan telur ayam berembrio SPF. Membran korioalantois dipanen dan dilakukan identifikasi dengan metode RT-PCR dengan gen target VP-2. Hasil amplifikasi selanjutnya dilakukan pengurutan DNA. Data nukleotida hasil pengurutan DNA dianalisis dengan program MEGA 6, meliputi pesejajaran, prediksi asam amino, dan konstruksi pohon kekerabatan antara virus yang diteliti dengan beberapa virus yang telah dipublikasi di bank gen terutama virus IBD yang bersirkulasi di Indonesia. Hasil penelitian ini diperoleh data bahwa ayam yang terdiagnosis penyakit IBD dapat ditentukan penyebabnya sebagai virus IBD. Hasil analisis urutan penanda patogenisitas molekuler menunjukkan virus yang virulen. Analisis pohon kekerabatan 2 isolat IBD SR/Lay-WNO-DIY dan IBD Potrow/Lay-SLM-DIY termasuk dalam kelompok virus IBD tipe klasik, sedangkan lima virus lainnya, yaitu IBD Yanti/Lay-SLM-DIY; IBD Lampung/Bro/IL; IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF1, IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF2, dan IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF3 termasuk dalam kelompok vvIBD strain Indonesia.
IDENTIFIKASI SEROLOGIS VIRUS INFECTIOUS LARYNGOTRACHEITIS ISOLAT MANGESTONI FARM DENGAN UJI AGAR GEL PRESIPITASI DAN UJI NETRALISASI Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Sain Veteriner Vol 21, No 2 (2003): DESEMBER
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (2958.792 KB) | DOI: 10.22146/jsv.493

Abstract

.
PREVALENSI KOLIBASILOSIS PADA AYAM BROILER YANG DIINFEKSI Escherichia coli DENGAN PEMBERIAN BIOADITIF, PROBIOTIK, DAN ANTIBIOTIK Suryani, Ade Erma; Karimy, Mohammad Faiz; Istiqomah, Lusty; Sofyan, Ahmad; Herdian, Hendra; Wibowo, Michael Haryadi
Widyariset Vol 17, No 2 (2014): Widyariset
Publisher : LIPI-Press

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1657.114 KB)

Abstract

The purpose of this research was to study the efficacy of bio-additive (a mixture of Lumbricus rubellus meal extract, Morinda citrifolia leaf extract and lactic acid bacteria ), probiotics, and antibiotics on the prevalence co- libacillosis and healthy status of broiler that infected by E. coli strain Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC). A total of 140 DOC were distribute randomly into 20 units of cage, each filled with 7 chickens were arranged in a completely randomized desig . Twenty cages were divided into 5 group , each treatment consisted of 4 replicates. The treatment group consisted of treatment A = infection of E. coli positive control), B = infection of E. coli + bio- additiv , C = infection of E. coli + probiotic , D = infection of E. coli + antibiotic , E = no E. coli infection negative contro). Feed base on corn- soybean is formulated as a basal fee . The experiments were conducted for 35 days, on day 21 chickens infected E. coli. ND vaccination is given at the age of four days and 15 days. The observed parameters were changes of macroscopic, isolation and identification of E. coli, changes in histopathology, blood profiles and antibody titer against ND. Results showed the prevalence colibasillosis on treatment B resulted in the lowest rate (33.3), results in the isolation and identification of chicken with positive clinical symptoms kolibasilosis infected APEC, and microscopic observations showed histopathological changes in the organs pancreas, heart, liver, and exchanges fabrisius lung. The results of the blood profile analysis showed the presence of the body’s defense mechanism against bacterial infectio , which is evident from the number of leukocytes in treatment A and C are higher tha treatment E (P> 0.0 ), red cell count treatment D higher than E treatment (P> 0.0 ), and total of Hb treatment A higher than treatment E P> 0.0 ). Based on the overall health status, it can be concluded that the administration of bioaditif decrease the prevalence o  colibasillosis 67.7 % .
ISOLASI DAN UJI KEPEKAAN ESCHERICHIA COLI O157:H7 ISOLAT LOKAL ASAL FESES DAPI TERHADAP BERBAGAI JENIS ANTIBIOTIKA Suardana, I Wayan; Suarsana, I Nyoman; Wibowo, Michael Haryadi; Widiasih, Dyah Ayu
Jurnal Sain Veteriner Vol 29, No 2 (2011): DESEMBER
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (5938.951 KB) | DOI: 10.22146/jsv.39512

Abstract

Escherichia coli O157:H7 is one of the bacteria infection agents that life threatening.
The Development of Pathogenicity of Avian Influenza Virus Isolated from Indonesia Wibowo, Michael Haryadi; Srihanto, Agus Eko; Putri, Khrisdiana; Asmara, Widya; Tabbu, Charles Rangga
Indonesian Journal of Biotechnology Vol 18, No 2 (2013)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (202.434 KB)

Abstract

Highly pathogenic avian infl uenza outbreak in Indonesia has been reported in various poultry due toH5N1 subtype. The presence of multiple basic amino acids within the cleavage site of HA glycoprotein hasbeen identifi ed to be associated with the pathogenicity of avian infl uenza virus. The study was retrospectivestudy which was designed to characterize the cleavage site and fusion site region of haemagglutinin gene ofAIV isolated from various poultry in 2003 to 2013. Isolation, Identifi cation and propagation were carried outto collect viral stock. For virus detection, reverse transcriptase PCR (RT-PCR) method on H5 and N1 genefragment was performed. All of RT-PCR HA gene positive products were sequenced for further nucleotideanalysis and to determine the nucleotide composition at the targeted fragment. The results are all AIV isolateswere identifi ed as H5N1 subtype. The sequence analyses revealed some motives of basic amino acid motivethat were classifi ed as highly pathogenic avian infl uenza virus. Further analyses on fusion domain of all AIVisolated during the period 2003 to 2013 showed conserved amino acid.Keywords: avian infl uenza, haemagglutinin, cleavage site, basic amino acid, fusion site
PERBANDINGAN BEBERAPA PROGRAM VAKSINASI PENYAKIT NEWCASTLE PADA AYAM BURAS Wibowo, Michael Haryadi; Amanu, Surya
Jurnal Sain Veteriner Vol 28, No 1 (2010): JUNI
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (4409.3 KB) | DOI: 10.22146/jsv.446

Abstract

.
NEWCASTLE DISEASE VIRUS DETECTION FROM CHICKEN ORGAN SAMPLES USING REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION Shanmuganathan, Lehgarubini; Anggoro, Dito; Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Sain Veteriner Vol 35, No 1 (2017): Juni
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1149.211 KB) | DOI: 10.22146/jsv.29300

Abstract

Newcastle disease (ND) is a systemic, viral respiratory disease that is acute and easily transmitted which affects various types of poultry, especially chickens. Diagnosis of ND which generally involves virus isolation and subsequent identification with serological assays has limitations that needs more time. This research was aimed to detect Newcastle Disease virus (NDV) in chickens suspected with ND using the Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) technique. Nine chicken organ samples such as lien, trachea, and lungs were collected from chicken farms diagnosed with ND. The organ samples were processed and the targeted viral RNA was extracted using the RNA extraction kit. Genome amplification was performed with RT-PCR using specificprimers to target the F gene. Amplification results produced an amplicon product of 565 base pairs (bp). PCR product samples were then visualised using agar gel electrophoresis and viewed using the unified gel documentation system. Amplification results show nine samples positive for the DNA bands corresponding to the targeted band of the NDV F gene fragment. The results of this research confirm that the RT-PCR method is applicable for NDV detection from chicken organ samples.