Michael Haryadi Wibowo
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Bali

Published : 27 Documents
Articles

Found 27 Documents
Search

KARAKTERISASI GEN NON STRUKTURAL 1 (NSI) VIRUS AVIAN INFLUENZA PADA ISOLAT ITIK TAHUN 2013 Hidayanto, Nur Khusni; Asmara, Widya; Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Sain Veteriner Vol 33, No 2 (2015): Desember
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (770.282 KB) | DOI: 10.22146/jsv.17919

Abstract

Wabah avian influenza (AI) di Indonesia telah terjadi sejak akhir tahun 2003 dan masih terjadi secara endemis sampai sekarang. Pada akhir tahun 2012 terjadi kasus kematian yang cukup tinggi pada itik yang disebabkan penyakit AI subtipe H5N1 yang diklasifikasikan ke dalam clade 2.3.2, sedangkan virus AI sebelumnya diklasifikasikan pada clade 2.1.1, 2.1.2 dan 2.1.3. Salah satu yang berperan dalam virulensi penyakit AI adalah motif asam amino C-terminal protein nonstruktural1 (NS1). Analisis sekuens virus influenza terutama protein nonstruktural 1 (NS1) yang berasal dari unggas mempunyai motif asam amino ESEV pada Cterminal sedang pada virus influenza manusia mempunyai motif RSKV pada C-terminal. Data sekuen NS1 untuk virus AI terbaru belum lengkap sehingga perlu disekuen untuk melengkapi data molekuler NS1 virus AI.Residu C-terminal protein NS1 virus avian influenza subtype H5N1 perlu dikaji karena mempengaruhi patogenisitas dan virulensi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui motif asam amino pada C-terminal protein nonstruktural 1 (NS1) virus avian influenza yang menyerang itik pada tahun 2013. Sampel berasal dari kasus AI pada itik di Tulungagung dan Blitar pada tahun 2013. Isolasi virus menggunakan telur berembrio tertunas ayam. Identifikasi virus AI subtipe H5N1 menggunakan teknik reverse transcription polimerase chain reaction (RT-PCR) dengan primer H5 (Lee et al., 2001) dengan target amplifikasi 545 bp dan primer N1 (Payungporn et al., 2004) dengan target amplifikasi 131 bp. Amplifikasi gen NS1 menggunakan RT-PCR dengan 2 pasang primer (Bannet-Noah et al., 2007) yang didesain mengamplifikasi gen NS dan dilanjutkan proses sekuensing gen NS1. Sekuen yang diperoleh dianalisa dengan menggunakan software MEGA 5.05 yang meliputi multiple alignment, prediksi asam amino dan analisis pohon filogenetik. Hasil sekuen isolat diperoleh panjang nukleotida yang mengkode protein NS1 sepanjang 690 nt. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa ke lima isolat uji tidak berada satu grup dengan dengan isolat asal Indonesia tahun 2003- 2008 dan berdekatan dengan klaster virus AI yang berasal dari Asia clade 2.3.2. Pada semua isolat tahun 2013 ditemukan delesi asam amino pada posisi 80-84, substitusi asam amino D92E, asam amino 149 semua isolat mempunyai asam amino alanine (A), asam amino ke 196 ditemukan adanya variasi substitusi berupa lysine (K) dan glutamic acid (E) dan asam amino pada gen NS1 mempunyai motif ESEV pada posisi PDZ ligand.
DETEKSI MOLEKULER VIRUS INFECTIOUS BURSAL DISEASE (IBD) PADA SAMP L BURSA FABRISIUS YANG DIPEROLEH DARI AYAM TERDIAGNOSA PENYAKIT IBD Wibowo, Michael Haryadi; Fadiar, Radhian; Anggoro, Dito; Artanto, Sidna; Amanu, Surya; Wahyuni, Agnesia Endang Tri Hastuti
Jurnal Sain Veteriner Vol 33, No 2 (2015): Desember
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1648.66 KB) | DOI: 10.22146/jsv.17890

Abstract

Kasus penyakit Infectious Bursal Disease (IBD) dewasa ini masih sering ditemukan pada peternakan ayam komersial baik layer maupun broiler di Indonesia. Diagnosis penyakit IBD sejauh ini mengandalkan lesi patologik spesifik dan kultur in ovo dengan mengamati lesi makroskopis embrio, serta diidentifikasi dengan uji agar gel presipitasi (AGP). Penelitian ini bertujuan menerapkan diagnosis dengan teknik reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) dari sampel Bursa Fabrisius (BF) sebagai konfirmasi pada kasus terdiagnosa IBD. Deteksi serologis virus IBD dengan uji AGP dengan sumber antigen chorioallantoic membrane (CAM) dan embrionya, untuk melihat potensinya sebagai sumber antigen uji AGP. Sampel BursaFabrisius sebanyak 5 yang diperoleh pada kasus terdiagnosa IBD, dikoleksi dari peternakan ayam komersial di Yogyakarta. Konfirmasi diagnosis dilakukan dengan metode RT-PCR. Sampel positip uji RT-PCR yang mengamplifikasi fragmen gen VP2. Isolasi virus IBD yang dilakukan kultur in ovo pada telur ayam berembrio (TAB) antibodi negatif terhadap virus IBD, berumur 11 hari. Desposisi materi inokulasi dilakukan pada (CAM), diinkubasi selama lima hari. Panen virus dilakukan dengan mengkoleksi membran korioalantois dan embrio, selanjutnya diamati lesi makroskopis yang timbul akibat infeksi virus IBD. Membran korioalantois dan embrioselanjutnya digerus dan diproses sebagai suspensi antigen yang digunakan dalam uji AGP. Hasil uji RT-PCR terhadap lima sampel Bursa Fabrisius yang dikoleksi dari peternakan ayam terdiagnosa penyakit IBD, tiga sampel menunjukkan hasil positif teramplifikasi fragmen gen VP-2 virus IBD dengan produk amplifikasi sebesar 440 bp, sedangkan dua sampel sisanya menunjukkan hasil negatif. Uji AGP dengan sumber antigen CAM menunjukkan hasil positip 2 dari 3 sampel yang diuji, sedangkan sumber antigen embrio menunjukkanhasil negatif. Berdasarkan data yang diperoleh dalam penelitian ini dapat disimpulkan bahwa uji RT-PCR dapat digunakan dalam mendeteksi virus IBD dari sampel BF terdiagnosa IBD. Uji AGP dengan sumber antigen CAM menunjukkan hasil lebih baik dari pada embrionya.
EVALUASI STATUS VIRULENSI ISOLAT BACILLUS ANTHRACIS ASALNUSA TENGGARA DAN PAPUA MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION MULTIPLEX Ebenhaizar Sanam, Maxs Urias; Asmara, Widya; Tri Hastuti Wahyuni, Agnesia Endang; Wibowo, Michael Haryadi; Adji, Rahmat Setya
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 9, No 2 (2015): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (275.909 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v9i2.2802

Abstract

IDENTIFIKASI ESCHERICHIA COLI O157:H7 DARI FESES AYAM DAN UJI PROFIL HEMOLISISNYA PADA MEDIA AGAR DARAH Suardana, I Wayan; Utama, Iwan Harjono; Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (256.278 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1236

Abstract

Penelitian ini bertujuan melakukan isolasi dan identifikasi serotipe lokal Escherichia coli (E. coli) O157:H7 dan uji profil hemolisisnya pada media agar darah. Isolasi bakteri dilakukan dengan media eosin methylene blue agar (EMBA), dilanjutkan dengan identifikasi pada media selektif sorbitol MacConkey agar (SMAC) dan uji konfirmasi menggunakan uji aglutinasi lateks O157 serta uji antiserum H7 sebagai konfirmasi akhir dari E. coli O157:H7. Gambaran hemolisis diuji dengan menumbuhkan isolat pada media agar darah domba. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 7 isolat (8,54%) dari 82 sampel feses ayam teridentifikasi E. coli O157:H7 dan memperlihatkan profil enterohemolisis seperti halnya isolat kontrol ATCC 43894. Dari hasil penelitian disimpulkan bahwa isolat lokal E. coli O157:H7 hasil isolasi dari feses ayam diketahui memiliki patogenitas yang tinggi terkait dengan dihasilkannya enterohemolisin yang merupakan marka/penanda kemampuan dari isolat untuk menghasilkan faktor virulensi Shiga like toxin.
EVALUASI KIT DETEKSI CEPAT TERHADAP SAMPEL OTAK ANJING TERINFEKSI VIRUS RABIES Wibowo, Michael Haryadi; Untari, Tri; Artanto, Sidna; Amanu, Surya; Wahyuni, AETH.; Asmara, Widya
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 9, No 1 (2015): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (376.545 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v9i1.2797

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengetahui potensi kit deteksi cepat Anigen® rapid test kit rabies Ag dalam mendeteksi virus rabies pada sampel otakanjing yang diperoleh dari lapangan yang meliputi batas deteksi, kecepatan reaksi, uji reaksi silang, uji sensitivitas, dan spesifisitas. Batas deteksi ditentukan dengan pengenceran secara serial kontrol positif virus rabies dan selanjutnya diuji dengan rapid test kit sesuai petunjuk produsen. Uji reaksi silang dilakukan dengan canine parvovirus, Escherichia coli, dan Salmonella sp. Uji sensitivitas dan spesifisitas dilakukan terhadap sampel otak yang telah dikonfirmasi positif rabies dengan uji fluorescent antibody technique. Konfirmasi uji rapid test tersebut dilakukan dengan reverse transcriptase polymerase chain reaction. Berdasarkan data yang diperoleh dalam penelitian ini dapat disimpulkan bahwa Anigen® rapid test kit rabies Ag mampu mendeteksi sampel yang mengandung virus rabies dengan titer 0,5 x log 106,5/0,03 ml, dengan rata-rata kecepatan reaksi 1,8 menit 29,35 detik (kurang dari 2 menit). Di samping itu Anigen® rapid test kit rabies menunjukkan tidak terdapat reaksi silang dengan canine parvovirus, Escherichia coli, dan Salmonella sp. serta mempunyai sensitivitas 92,30% dan spesifisitas 97,90%
PENENTUAN PATOGENESITAS MOLEKULER VIRUS NEWCASTLE DISEASE YANG DIISOLASI DARI AYAM KOMERSIAL TAHUN 2013-2016 Wibowo, Sarwo Edy; Wibowo, Michael Haryadi; Sutrisno, Bambang
Acta VETERINARIA Indonesiana Vol. 5 No. 2 (2017): Juli 2017
Publisher : IPB University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (653.372 KB) | DOI: 10.29244/avi.5.2.105-119

Abstract

Newcastle Disease (ND) atau yang dikenal dengan ?Tetelo? masih menjadi masalah di peternakan unggas komersil, meskipun telah dilakukan vaksinasi ND secara rutin, namun wabah ND masih tetap terjadi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui patogenesitas molekuler dan genotipe virus ND berdasarkan analisis sekuen fragmen gen F, serta melihat hubungan kekerabatan antara isolat dalam penelitian dengan isolat ND di Indonesia sebelumnya serta strain vaksin pada peternakan ayam yang menerapkan vaksinasi ND secara berkala. Penelitian ini menggunakan primer yang didesain dengan konsensus fragmen gen F dari GenBank dan desain dengan aplikasi amplifX pada posisi 91-800 nt dengan panjang 710bp. Urutan basa pada primer kemudian di cek dengan BLAST primer dan di uji spesifisitas dengan beberapa virus penyakit unggas yaitu vaksin infectious bronchitis (IB) 120, virus vaksin infectious laryngotracheitis (ILT), virus vaksin avian influenza (AI), dan virus vaksin infectious bursal disease (IBD). Delapan sampel paru diperoleh dari delapan peternakan ayam komersial di Yogyakarta, Semarang, Jakarta, Magelang dan Muntilan. Tiga sampel diisolasi pada telur ayam berembrio dan diidentifikasi menggunakan uji HA dan HI. Lima sampel lain dilakukan ekstraksi secara langsung dari gerusan organ paru. Sampel di identifikasi dengan metode reverse transciptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) untuk mendeteksi gen F menggunakan  primer forward 5? TCT CTT GAT GGC AGG CCT CTT G ?3 dan reverse 5? CCG CTA CCG ATT AAT GAG CTG AGT?3 dengan panjang produk 710 bp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh sampel positif virus ND. Analisis hasil sekuen dengan menggunakan perangkat lunak MEGA v.7 didapatkan susunan asam amino penyusun cleavage site 112RRQKR?F117 dan 112RRRKR?F117yang menunjukkan bahwa virus ND tersebut digolongkan strain velogenik. Berdasarkan analisis pohon filogenetik isolat ND-Layer/GK-SR1/2013, ND-Lay/Pullet-80/ 27/16 (N), ND-Bro/Lingga 2L/24/2 (N), dan ND-Lay/Smg-P/2015 merupakan genotip VIIi, sedangkan 3 isolat ND yaitu ND-Bro/Yog-P/2015, JKT/P1/2016 (Jakarta), dan JKT/P2/2016 (Jakarta) merupakan ND genotip VIIh. Jarak genetik isolat yang diteliti dengan virus ND Indonesia yang pernah dilaporkan sebelumnya pada fragmen gen F posisi 91-798 berkisar 0,4 ? 9,6 % dengan tingkat homologi mencapai 90,4 ? 99,5%.
ANALISIS FRAGMEN GEN VP-2 VIRUS INFECTIOUS BURSAL DISEASES YANG DIISOLASI DARI PETERNAKAN AYAM KOMERSIAL Wibowo, Michael Haryadi; Anggoro, Dito; Wibowo, Sarwo Edy; Santosa, Purnama Edy; Amanu, Surya; Asmara, Widya
Acta VETERINARIA Indonesiana Vol. 5 No. 1 (2017): Januari 2017
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (378.584 KB) | DOI: 10.29244/avi.5.1.47-56

Abstract

Infectious Bursal Disease (IBD) adalah penyakit virus yang bersifat akut dan infeksius serta menyerang pada unggas muda yang berumur kurang dari 4 bulan. Sejauh ini data molekuler virus IBD isolat Indonesia sangat minim, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengarakterisasi gen VP-2 virus IBD yang telah ada di Indonesia. Sampel penelitian diperoleh dari kasus terdiagnosa IBD yang terjadi di peternakan ayam komersial broiler dan layer. Sampel Bursa dipersiapkan untuk dilakukan isolasi menggunakan telur ayam berembrio SPF. Membran korioalantois dipanen dan dilakukan identifikasi dengan metode RT-PCR dengan gen target VP-2. Hasil amplifikasi selanjutnya dilakukan pengurutan DNA. Data nukleotida hasil pengurutan DNA dianalisis dengan program MEGA 6, meliputi pesejajaran, prediksi asam amino, dan konstruksi pohon kekerabatan antara virus yang diteliti dengan beberapa virus yang telah dipublikasi di bank gen terutama virus IBD yang bersirkulasi di Indonesia. Hasil penelitian ini diperoleh data bahwa ayam yang terdiagnosis penyakit IBD dapat ditentukan penyebabnya sebagai virus IBD. Hasil analisis urutan penanda patogenisitas molekuler menunjukkan virus yang virulen. Analisis pohon kekerabatan 2 isolat IBD SR/Lay-WNO-DIY dan IBD Potrow/Lay-SLM-DIY termasuk dalam kelompok virus IBD tipe klasik, sedangkan lima virus lainnya, yaitu IBD Yanti/Lay-SLM-DIY; IBD Lampung/Bro/IL; IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF1, IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF2, dan IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF3 termasuk dalam kelompok vvIBD strain Indonesia.
IDENTIFIKASI SEROLOGIS VIRUS INFECTIOUS LARYNGOTRACHEITIS ISOLAT MANGESTONI FARM DENGAN UJI AGAR GEL PRESIPITASI DAN UJI NETRALISASI Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Sain Veteriner Vol 21, No 2 (2003): DESEMBER
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (2958.792 KB) | DOI: 10.22146/jsv.493

Abstract

.
PREVALENSI KOLIBASILOSIS PADA AYAM BROILER YANG DIINFEKSI Escherichia coli DENGAN PEMBERIAN BIOADITIF, PROBIOTIK, DAN ANTIBIOTIK Suryani, Ade Erma; Karimy, Mohammad Faiz; Istiqomah, Lusty; Sofyan, Ahmad; Herdian, Hendra; Wibowo, Michael Haryadi
Widyariset Vol 17, No 2 (2014): Widyariset
Publisher : LIPI-Press

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1657.114 KB)

Abstract

The purpose of this research was to study the efficacy of bio-additive (a mixture of Lumbricus rubellus meal extract, Morinda citrifolia leaf extract and lactic acid bacteria ), probiotics, and antibiotics on the prevalence co- libacillosis and healthy status of broiler that infected by E. coli strain Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC). A total of 140 DOC were distribute randomly into 20 units of cage, each filled with 7 chickens were arranged in a completely randomized desig . Twenty cages were divided into 5 group , each treatment consisted of 4 replicates. The treatment group consisted of treatment A = infection of E. coli positive control), B = infection of E. coli + bio- additiv , C = infection of E. coli + probiotic , D = infection of E. coli + antibiotic , E = no E. coli infection negative contro). Feed base on corn- soybean is formulated as a basal fee . The experiments were conducted for 35 days, on day 21 chickens infected E. coli. ND vaccination is given at the age of four days and 15 days. The observed parameters were changes of macroscopic, isolation and identification of E. coli, changes in histopathology, blood profiles and antibody titer against ND. Results showed the prevalence colibasillosis on treatment B resulted in the lowest rate (33.3), results in the isolation and identification of chicken with positive clinical symptoms kolibasilosis infected APEC, and microscopic observations showed histopathological changes in the organs pancreas, heart, liver, and exchanges fabrisius lung. The results of the blood profile analysis showed the presence of the body’s defense mechanism against bacterial infectio , which is evident from the number of leukocytes in treatment A and C are higher tha treatment E (P> 0.0 ), red cell count treatment D higher than E treatment (P> 0.0 ), and total of Hb treatment A higher than treatment E P> 0.0 ). Based on the overall health status, it can be concluded that the administration of bioaditif decrease the prevalence o  colibasillosis 67.7 % .
ANALISIS MOLEKULER FILOGENETIK DAN STRUKTUR ANTIGENIC VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ISOLAT LAMPUNG TAHUN 2008-2013 Srihanto, Eko Agus; Asmara, Widya; Wibowo, Michael Haryadi
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 9, No 1 (2015): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (342.748 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v9i1.2799

Abstract

Penelitian ini bertujuan melakukan karakterisasi molekuler antigenic site terhadap isolat virus avian influenza (AI) Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional III Lampung dari tahun 2008-2013. Amplifikasi RNA dilakukan dengan teknik reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan 4 pasang primer referens dari Australian Animal Health Laboratory (AAHL) Geelong Australia (HA10, HA20, dan HA30) dan dilanjutkan dengan proses pengurutan. Analisis hasil pengurutan dengan menggunakan perangkat lunak MEGA versi 5.05 yang meliputi multiple alignment, deductive amino acids prediction, dan phylogenic tree analysis diperoleh hasil perbedaan genetik antar isolat Lampung dari tahun 2003-2013 ditemukan berkisar 1,1-9,1% dengan tingkat homologi mencapai 90,9-98,9%. Variasi genetik ditemukan adanya substitusi pada posisi 53 (R53K), 126 (D126E), 136 (P136), 138 (H138Q, dan H138L), 140 (R140K, R140S, dan R140N), 141 (S141P), dan 189 (K189R). Berdasarkan analisis filogenic tree isolat Lampung tahun 2008-2011 termasuk ke dalam clade 2.1.3. Analisis filogenik isolat AI tahun 2012-2013 yang menginfeksi unggas air mempunyai homologi sekitar 98,5-99,1% dibandingkan dengan isolat AI yang menginfeksi unggas air asal Jawa dan termasuk ke dalam clade 2.3.2.1.