Michael Haryadi Wibowo
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Bali

Published : 22 Documents
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : ACTA VETERINARIA INDONESIANA

PENENTUAN PATOGENESITAS MOLEKULER VIRUS NEWCASTLE DISEASE YANG DIISOLASI DARI AYAM KOMERSIAL TAHUN 2013-2016 Wibowo, Sarwo Edy; Wibowo, Michael Haryadi; Sutrisno, Bambang
Acta VETERINARIA Indonesiana Vol. 5 No. 2 (2017): Juli 2017
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (653.372 KB) | DOI: 10.29244/avi.5.2.105-119

Abstract

Newcastle Disease (ND) atau yang dikenal dengan ?Tetelo? masih menjadi masalah di peternakan unggas komersil, meskipun telah dilakukan vaksinasi ND secara rutin, namun wabah ND masih tetap terjadi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui patogenesitas molekuler dan genotipe virus ND berdasarkan analisis sekuen fragmen gen F, serta melihat hubungan kekerabatan antara isolat dalam penelitian dengan isolat ND di Indonesia sebelumnya serta strain vaksin pada peternakan ayam yang menerapkan vaksinasi ND secara berkala. Penelitian ini menggunakan primer yang didesain dengan konsensus fragmen gen F dari GenBank dan desain dengan aplikasi amplifX pada posisi 91-800 nt dengan panjang 710bp. Urutan basa pada primer kemudian di cek dengan BLAST primer dan di uji spesifisitas dengan beberapa virus penyakit unggas yaitu vaksin infectious bronchitis (IB) 120, virus vaksin infectious laryngotracheitis (ILT), virus vaksin avian influenza (AI), dan virus vaksin infectious bursal disease (IBD). Delapan sampel paru diperoleh dari delapan peternakan ayam komersial di Yogyakarta, Semarang, Jakarta, Magelang dan Muntilan. Tiga sampel diisolasi pada telur ayam berembrio dan diidentifikasi menggunakan uji HA dan HI. Lima sampel lain dilakukan ekstraksi secara langsung dari gerusan organ paru. Sampel di identifikasi dengan metode reverse transciptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) untuk mendeteksi gen F menggunakanĀ  primer forward 5? TCT CTT GAT GGC AGG CCT CTT G ?3 dan reverse 5? CCG CTA CCG ATT AAT GAG CTG AGT?3 dengan panjang produk 710 bp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh sampel positif virus ND. Analisis hasil sekuen dengan menggunakan perangkat lunak MEGA v.7 didapatkan susunan asam amino penyusun cleavage site 112RRQKR?F117 dan 112RRRKR?F117yang menunjukkan bahwa virus ND tersebut digolongkan strain velogenik. Berdasarkan analisis pohon filogenetik isolat ND-Layer/GK-SR1/2013, ND-Lay/Pullet-80/ 27/16 (N), ND-Bro/Lingga 2L/24/2 (N), dan ND-Lay/Smg-P/2015 merupakan genotip VIIi, sedangkan 3 isolat ND yaitu ND-Bro/Yog-P/2015, JKT/P1/2016 (Jakarta), dan JKT/P2/2016 (Jakarta) merupakan ND genotip VIIh. Jarak genetik isolat yang diteliti dengan virus ND Indonesia yang pernah dilaporkan sebelumnya pada fragmen gen F posisi 91-798 berkisar 0,4 ? 9,6 % dengan tingkat homologi mencapai 90,4 ? 99,5%.
ANALISIS FRAGMEN GEN VP-2 VIRUS INFECTIOUS BURSAL DISEASES YANG DIISOLASI DARI PETERNAKAN AYAM KOMERSIAL Wibowo, Michael Haryadi; Anggoro, Dito; Wibowo, Sarwo Edy; Santosa, Purnama Edy; Amanu, Surya; Asmara, Widya
Acta VETERINARIA Indonesiana Vol. 5 No. 1 (2017): Januari 2017
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (378.584 KB) | DOI: 10.29244/avi.5.1.47-56

Abstract

Infectious Bursal Disease (IBD) adalah penyakit virus yang bersifat akut dan infeksius serta menyerang pada unggas muda yang berumur kurang dari 4 bulan. Sejauh ini data molekuler virus IBD isolat Indonesia sangat minim, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengarakterisasi gen VP-2 virus IBD yang telah ada di Indonesia. Sampel penelitian diperoleh dari kasus terdiagnosa IBD yang terjadi di peternakan ayam komersial broiler dan layer. Sampel Bursa dipersiapkan untuk dilakukan isolasi menggunakan telur ayam berembrio SPF. Membran korioalantois dipanen dan dilakukan identifikasi dengan metode RT-PCR dengan gen target VP-2. Hasil amplifikasi selanjutnya dilakukan pengurutan DNA. Data nukleotida hasil pengurutan DNA dianalisis dengan program MEGA 6, meliputi pesejajaran, prediksi asam amino, dan konstruksi pohon kekerabatan antara virus yang diteliti dengan beberapa virus yang telah dipublikasi di bank gen terutama virus IBD yang bersirkulasi di Indonesia. Hasil penelitian ini diperoleh data bahwa ayam yang terdiagnosis penyakit IBD dapat ditentukan penyebabnya sebagai virus IBD. Hasil analisis urutan penanda patogenisitas molekuler menunjukkan virus yang virulen. Analisis pohon kekerabatan 2 isolat IBD SR/Lay-WNO-DIY dan IBD Potrow/Lay-SLM-DIY termasuk dalam kelompok virus IBD tipe klasik, sedangkan lima virus lainnya, yaitu IBD Yanti/Lay-SLM-DIY; IBD Lampung/Bro/IL; IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF1, IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF2, dan IBD Fung/Lay-SLM-DIY-BF3 termasuk dalam kelompok vvIBD strain Indonesia.