Rini Widayanti
Bagian Klinik Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Bali

Published : 26 Documents
Articles

Found 26 Documents
Search

PENENTUAN SUBTIPE VIRUS AVIAN INFLUENZA DENGAN METODE SINGLE STEP MULTIPLEX REVERSE TRANSCRIPTASE- POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) ISOLAT ASAL PROVINSI ACEH Helmi, Teuku Zahrial; Widayanti, Rini; Haryanto, Aris
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (202.523 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1265

Abstract

Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi keberadaan gen M, H5, dan N1 virus avian influenza (AI) melalui metode single step multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), sebagai acuan untuk peneguhan diagnosis secara molekuler virus AI di Provinsi Aceh. Penelitian ini menggunakan 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang diperoleh dari Laboratorium Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I Medan di Sumatera Utara dari tahun 2006-2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi BPPV Regional I di Medan, Sumatera Utara. Amplifikasi terhadap gen matriks (M) virus AI menggunakan metode simplex RT-PCR. Hasil simplex RT-PCR terhadap gen M diperoleh 10 isolat yang menunjukkan pita deoxyribonucleic acid (DNA) pada 276 bp dan satu isolat yang tidak muncul, kemudian dilanjutkan dengan metode single step multiplex RT-PCR menggunakan pasangan primer gen penyandi protein N1, H5, dan M. Produk PCR 131 bp (N1), 189 bp (H5), dan 276 bp (M) muncul sebagai hasil elektroforesis dari semua isolat virus AI. Semua virus AI yang mewabah dari tahun 2006-2008 di Provinsi Aceh termasuk ke dalam virus influenza A subtipe H5N1.
ANALISIS FILOGENETIK ISOLAT VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ASAL PROVINSI ACEH Helmy, Teuku Zahrial; Widayanti, Rini; Haryanto, Aris
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 6, No 1 (2012): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (125.798 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v6i1.348

Abstract

Penelitian ini bertujuan melakukan studi filogenetik virus AI tipe A subtipe H5N1 isolat asal Provinsi Aceh yang dapat memberikan informasi secara molekuler tentang kekerabatan antar isolat virus AI tipe A subtipe H5N1. Sebanyak 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang dikoleksi oleh Laboratorium Virologi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I di Medan, Sumatera Utara selama kurun waktu 2007-2008 digunakan dalam penelitian ini. Metode penelitian meliputi preparasi sampel isolat virus, ekstraksi RNA, amplifikasi gen H, elektroforesis DNA hasil amplifikasi, sekuensing, dan analisis data hasil sekuensing dengan software MEGA 4.0. Hasil sekuensing diketahui bahwa daerah yang teramplifikasi sebesar 191 bp. Hasil allignment dari nukleotida 191 bp ditemukan urutan nukleotida yang menyandi 5 asam amino yang berbeda pada posisi asam amino ke-493, 498, 499, 504, dan 515 antara isolat virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh selama tahun 2007-2008 dengan isolat dari pembanding dari gene bank. Kontruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh tahun 2007-2008 mengelompok secara terpisah dari isolat Indonesia yang lain, tetapi masih dalam klaster virus AI subtipe H5N1 Indonesia.
KERAGAMAN GENETIK SEKUEN GEN ATP SYNTHASE FO SUBUNIT 6 (ATP6) MONYET HANTU (TARSIUS) INDONESIA (GENETIC DIVERSITY STUDY OF ATP6 GENE SEQUENCES OF TARSIERS FROM INDONESIA) Widayanti, Rini; Handayani, Niken Satuti Nur; Wijayanto, Hery
Jurnal Veteriner Vol 13 No 4 (2012)
Publisher : Faculty of Veterinary Medicine, Udayana University and Published in collaboration with the Indonesia Veterinarian Association

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (197.212 KB)

Abstract

In a conservation effort, the identification of Tarsier species, on the bases of the morphological andmolecular characteristic is necessary. Up to now, the identification of the animals were based on themorphology and vocalizations, which is extremely difficult to identify each, tarsier species. The objective ofthis research was to study the genetic diversity on ATP6 gene of Tarsius sp. Based on sequencing of PCRproduct using primer ATP6F and ATP6R with 681 nts. PCR product. The sequence of ATP6 fragmentswere aligned with other primates from Gene bank with aid of software Clustal W, and were analyzed usingMEGA program version 4.0. Three different nucleotide sites were found (nucleotide no. 288, 321 and 367).The genetic distance based on nucleotide ATP6 sequence calculated using Kimura 2-parameter modelindicated that the smallest genetic distance 0%, biggest 0.8% and average 0, 2%. The phylogenetic treeusing neighbor joining method based on the sequence of nucleotide ATP6 gene could not be used todifferentiate among T. Dianae (from Central Sulawesi), T. Spectrum (from North Sulawesi), T. bancanus(from lampung, South Sumatera) and T.bancanus from West Kalimantan.
PERBANDINGAN GAMBARAN DARAH ULAR SANCA BATIK (MALAYOPHYTON RETICULATUS) LOKAL JAWA DAN KALIMANTAN Raharjo, Slamet; Hartati, Sri; Indarjulianto, Sedarmanto; Widayanti, Rini
Jurnal Sain Veteriner Vol 37, No 1 (2019): Juni
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (501.042 KB) | DOI: 10.22146/jsv.41105

Abstract

Reticulated python (M. reticulatus) Java and Kalimantan locality highly demand as pet animal. Blood profile has an important role on animal health status. This research was aim to study the blood profile comparison of Java and Kalimantan M. reticulatus. Ten blood samples of Java M. reticulatus and 10 samples of Kalimantan M. reticulatus were used in this study. As much as 1 ml blood sample was collected from ventral coccygeal vein of adult healthy M. reticulatus. Blood sample put into tube with EDTA then analized at Internal Department Laboratory, Faculty of Veterinary Medicine UGM. Based on blood samples analize results, adult healthy Java M. reticulatus shows the higher value on parameters of erytrocyte, leucocyte, PCV, MCH, heterophyl, limphocyte and monocyte, while haemoglobin, TPP, MCV, MCHC, azurofil and monosit were lower than Kalimantan M. reticulatus. There were no significant differences (P>0,05) between blood profile of Java and Kalimantan M. reticulatus. It could be concluded that blood profile of Java and Kalimantan M. reticulatus is not different.
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI EKSPRESI PROTEIN REKOMBINAN GRANULE-1 (GRA-1) TOXOPLASMA GONDII ISOLAT LOKAL Wihadmadyatami, Hevi; Widayanti, Rini; Artama, Wayan Tunas
Jurnal Sain Veteriner Vol 29, No 2 (2011): DESEMBER
Publisher : Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada bekerjasama dengan PB PDHI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1535.684 KB) | DOI: 10.22146/jsv.39571

Abstract

Toxoplasmosis is a diseases caused by intracellular protozoa called Toxoplasma gondii.
ANALISIS GENETIKA MOLEKULER KUDA SUMBA BERDASARKAN URUTAN D-LOOP MITOKONDRIA Y, Yuriadi; Widayanti, Rini; Artama, Tunas
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (323.262 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1250

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengkaji daerah nonkoding (D-loop) deoxyribonucleic acid (DNA) mitokondria kuda sumba. Tiga sampel darah kuda Sandel Wood dari Kabupaten Sumba Timur digunakan untuk isolasi DNA. Produk isolasi DNA diamplifikasi pada daerah D-loop parsial mitokondria dengan metode PCR, primer ECLOOP forward 5?-CGCACATTACCCTGGTCTTG-3? dan primer ECLOOP reverse 5?GAACCAGATGCCAGGTATG-3?, pada kondisi predenaturasi 94° C selama 5 menit, denaturasi 94° C selama 30 detik, annealing 56° C selama 30 detik, elongation 72° C selama 45 detik, dan post elongation 72° C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi polymerase chain reaction (PCR) menghasilkan produk sepanjang 492 bp kemudian dilakukan pengurutan. Produk pengurutan D-loop dibandingkan dengan spesies kuda lain dari Genbank dan dianalisis menggunakan MEGA versi 4.1. Hasil analisis diperoleh 66 situs nukleotida yang berbeda. Urutan nukleotida D-loop yang dianalisis menggunakan Kimura 2- parameter ditemukan nilai paling kecil 0% dan nilai paling besar 2,9%. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbour joining dengan nilai bootstrap 1000 kali menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat di antara kuda Sandel Wood. Artinya kuda Sandel Wood 2, 3, dan 4 berasal dari satu keturunan.
KAJIAN DEOXYRIBONUCLEIC ACID (DNA) BARCODE PADA SPESIES TARSIUS BANCANUS, TARSIUS SPECTRUM, DAN TARSIUS DIANAE DENGAN MENGGUNAKAN GEN CYTOCHROME OXIDASE SUB-UNIT I (COX1) Baaka, Alnita; Widayanti, Rini
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 7, No 2 (2013): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (270.227 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v7i2.926

Abstract

Tujuan penelitian ini adalah mengetahui keragaman genetik gen COX1 pada Tarsius spectrum (T. spectrum), Tarsius dianae (T. dianae), dan Tarsius bancanus (T. bancanus). Sampel yang digunakan adalah 4 sampel jaringan T. spectrum asal Sulawesi Utara, 1 sampel jaringan T. dianae asal Sulawesi Tengah, 2 sampel jaringan T. bancanus asal Lampung, dan 3 sampel jaringan T. bancanus asal Kalimantan. Selanjutnya dilakukan isolasi deoxyribonucleic acid (DNA), amplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), pengurutan, dan data dianalisis menggunakan program MEGA v. 5.0. Hasil amplifikasi diperoleh produk PCR sebesar 1633 pasang basa (pb), hasil pengurutan DNA ditemukan 240 situs nukleotida dan 16 situs asam amino yang berbeda. Jarak genetika menggunakan Kimura-2 parameter paling tinggi 16,1%, paling kecil 0%, dan rata-rata 8,3%. Pohon filogenetika menggunakan metode Neighbor joining berdasarkan urutan nukleotida dan asam amino COX1 dapat membedakan antara T. bancanus, T. spectrum, dan T. dianae, namun tidak dapat membedakan antara T. bancanus asal Kalimantan dan T. bancanus asal Lampung.
KAJIAN MOLEKULER LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL (TURSIOPS SP.) ASAL LAUT JAWA BERDASAR URUTAN GEN CYTOCHROME C OXIDASE SUB-UNIT II (COX II) (MOLECULAR STUDIES OF BOTTLENOSE DOLPHINS (TURSIOPS SP.) FROM JAVA SEA BY GENE SEQUENCES OF CYTOCHROME C OXIDASE SUB-UNIT II (COX II)) Widayanti, Rini; Fibrianto, Yuda Heru
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 10, No 1 (2016): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (332.962 KB) | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v10i1.3357

Abstract

The purpose of this study was to examine the molecular basis of Tursiops sp. originated from Java sea based on gene sequences ofCytochrome C Oxidase sub-unit II. Samples of blood were collected from five male bottlenose dolphins from PT. Wersut Seguni Indonesiacaptivity. Total deoxyribonucleic acid (DNA) was isolated from blood samples, then amplified by polymerase chain reaction (PCR), sequenced,and the data were analyzed using MEGA version 5.1 program. The amplification result of the PCR product obtained 824 base pairs (bp), andDNA sequencing obtained 684 nucleotides constituent of COX II genes that encode 228 amino acids making up the COX II. Nucleotide andamino acid sequence of COX II bottlenose dolphins originated from Java sea has a very high homology to Tursiops aduncus that are 99.13%and 100% respectively. Phylogram by neighbour joining method based on the nucleotide sequence of COX II gene indicating bottlenose dolphinsfrom Java sea belongs to group of Tursiops aduncus.Key words: bottlenose dolphin, COX II gene, nucleotide, Jawa Sea
KAJIAN DIVERSITI GENETIKA TARSIUS SP. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) H, Herrialfian; Widayanti, Rini; Wijayanto, Hery; J, Jalaluddin
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): J. Ked. Hewan
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1247

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius.
ANALYSIS OF APOLIPOPROTEIN-B (APO-B) GENE IN ATHEROSCLEROSIS MICE GIVEN CURCUMINOID EXTRACT OF ZANTHORRIZA IN ORAL Susmiati, Trini; Widayanti, Rini; Purwantoro, Aris; Airin, Claude Mona; Sarmin, Sarmin
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 13, No 2 (2019): June
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v13i2.10219

Abstract

The aim of this study was to investigate the apolipoprotein-B (apo-B) gene in atherosclerosis mice which were orally given curcuminoid extract of Curcuma xanthorriza. A total number of 30 white mice were split into 6 groups, the first group considered as control (without any treatment), second group as atherogenic feed control, the third group as extract control, while the fourth, fifth and sixth groups as atherogenic feed and curcuminoid Curcuma xanthorriza extract group treated with 5 mg/mouse, 10 mg/mouse and 15 mg/ mouse, respectively for three months. The blood samples were taken from all six groups for the deoxyribonucleic acid (DNA) analysis using total DNA isolation, DNA amplification with polymerase chain reaction (PCR), and DNA sequencing. The data analysis showed that 374 bp nucleotide sequence gen of apo-B from Rattus norvegicus in groups B, C, D, E, and F did not cause any changes in genes. The analysis showed the sequence of apo-B Rattus norvegicus gene in the treatment group was apparently identical with that of Rattus norvegicus group A as the control group without treatment. As conclusion, the administration of curcuminoid zanthorrizza to atherosclerosis mice did not change the gene structure of apo-B 100.