Articles

Found 10 Documents
Search

TWO NEWLY RECORDED SPECIES OF THE LOBSTER FAMILY SCYLLARIDAE (THENUS INDICUS AND SCYLLARIDES HAANII) FROM SOUTH OF JAVA, INDONESIA Wardiatno, Yusli; Hakim, Agus Alim; Mashar, Ali; Butet, Nurlisa Alias; Adrianto, Luky
HAYATI Journal of Biosciences Vol. 23 No. 3 (2016): July 2016
Publisher : Bogor Agricultural University, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1284.902 KB) | DOI: 10.4308/hjb.23.3.101

Abstract

Two species of slipper lobster, Thenus indicus Leach, 1815, and Scyllarides haanii De Haan, 1841, are reported for the first time from the coastal waters of South of Java, part of the Indian Ocean. A total of two specimens, one specimen of T. indicus from Palabuhanratu Bay and one specimen of S. haanii from Yogyakarta coastal waters, were collected in April and September 2015, respectively. Descriptions and illustrations of the morphological characteristics of the two species and their habitat are presented.
AUTENTIKASI SPESIES IKAN KERAPU BERDASARKAN MARKA GEN MT-COI DARI PERAIRAN PEUKAN BADA, ACEH Kamal, Mohammad Mukhlis; Hakim, Agus Alim; Butet, Nurlisa Alias; Fitrianingsih, Yulia; Astuti, Rika
Jurnal Biologi Tropis Jurnal Biologi Tropis Vol.19 No.2 Juli - Desember 2019
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Mataram

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (435.161 KB) | DOI: 10.29303/jbt.v19i2.1245

Abstract

Abstrak : Variasi bentuk dan pola pewarnaan tubuh ikan kerapu (Famili Serranidae) sangat variatif, sehingga pengenalan spesies secara morfologis sering tidak akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengautentikasi ikan kerapu dengan menggunakan marka gen COI. Contoh ikan kerapu yang diamati berjumlah 29 ekor yang dikumpulkan dari tiga tempat pendaratan ikan di Perairan Peukan Bada, Propinsi Aceh. Secara karakter morfologis, ikan kerapu tersebut teridentifikasi lebih dari 8 spesies. Untuk analisis DNA, sebanyak 30 mg daging sirip dari setiap ikan contoh diambil untuk dilakukan isolasi dan ekstraksi DNA, kemudian visualisasi elektroforesis dan fragmentasi DNA gen COI dengan metode PCR-sekuensing. Setelah diekstraksi, diperoleh 20 sampel DNA yang tervisualisasi dengan baik, yang dari jumlah tersebut terdapat 16 sampel dapat diamplifikasi. Hasilnya menunjukkan terdapat 6 spesies yang terautentikasi. Kelompok pertama adalah Variola albimarginata, Cephalopholis urodeta, dan C. sexmaculata dengan tingkat kemiripan ? 97%. Berikutnya C. boenak, Epinephelus merra, dan Scolopsis vosmeri tingkat kemiripannya ? 97%. Bila dibandingkan hasil autentikasi DNA, hasil penelitian menunjukkan bahwa 13 sampel atau > 80% tidak teridentifikasi dengan benar secara morfologis. Berdasarkan jarak genetik, pohon filogeni membentuk 2 clade antara Serranidae dan Nemipteridae. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan marka gen COI sangat efektif untuk autentikasi spesies yang dapat dijadikan sebagai instrumen dalam pemanfaatan dan pengelolaan ikan kerapu.Kata kunci : kerapu, variasi morfologi, gen MT-COI, autentikasi.Abstract : The groupers (family Serranidae) show high variability both in body shapes and coloration leads to highly morphological-based misidentification. The research was aimed in autenthication of the grouper species using MT-COI gene. A total of 29 grouper fishes were collected from three fish landing sites of Peukan Bada, Aceh Province. These fishes were morphologically identified from which more than 8 species were obtained. A 30 mg of the fin meat of each sample was taken for DNA extraction, isolation, electrophoresis visualization, and DNA fragmentation of COI gene using PCR-sequenching.  There were 20 DNA samples was clearly visualized of which 16 has been proceeded for amplification. The results showed that V. albimarginata, C. urodeta, and C. sexmaculata showed ? 97% similarity, whereas C. boenak, E. merra, dan S. vosmeri with ? 97% similarity. Based on phylogenetic tree analysis there was 2 clearly different clades separating family of Serranidae and Nemipteridae. The use of MT-COI gene was effective and accurate tool in species authentication which could be used as an instrument for utilization and management of the grouper species.Keywords : groupers, morphological variation, MT-COI gene, autenthication.
TRUSS MORPHOMETRIC APPROACH FOR POPULATION KINSHIP ANALYSIS OF CHERAX QUADRICARINATUS (VON MARTENS, 1868) IN WEST JAVA WATERS Mashar, Ali; Wahyuni, Yuyun Sri; Hakim, Agus Alim; Wardiatno, Yusli
Journal of Tropical Fisheries Management Vol. 3 No. 2 (2019): Journal of Tropical Fisheries Management
Publisher : IPB PRESS

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1387.856 KB) | DOI: 10.29244/jppt.v3i2.30432

Abstract

Lobster air tawar spesies Cherax quadricarinatus berasal dari perairan Australia dan Papua Nugini. Pengukuran morfometrik merupakan salah satu teknik dalam membedakan bentuk tubuh dari suatu populasi. Penelitian ini memiliki tujuan untuk menganalisis kekerabatan populasi pada lobster air tawar dari perairan Jawa Barat berdasarkan pendekatan truss morphometric. Beberapa karakter morfometrik dilakukan pengukuran dengan jumlah total sampel sebanyak 133 individu yang meliputi 20 individu dari Waduk Darma, 38 individu dari Situ Kemang, dan 75 individu dari Situ Kemuning. Hasil analisis kluster didapatkan bahwa populasi Cherax quadricarinatus yang berasal dari Situ Kemuning memiliki kekerabatan lebih dekat dengan Situ Kemang dibandingkan dengan Waduk Darma. Adanya perbedaan karakter morfometrik diduga terjadi karena perbedaan kondisi lingkungan pada ketiga populasi. Analisis diskriminan menunjukkan bahwa C. quadricarinatus yang beraal dari Waduk Darma, Situ Kemang, dan Situ Kemuning masing-masing terklasifikasi dengan tepat yaitu sebesar 100%, 63,2%, dan 76%. Sementara itu, terdapat 4 karakter utama yang dapat membedakan populasi dari semua lokasi (C4, B5, D6, dan A6).
VALIDASI SPESIES UNDUR-UNDUR LAUT BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER 16S RRNA DARI PERAIRAN BANTUL DAN PURWOREJO Butet, Nurlisa A; Dewi, Inge Anggraeni Bela Putri; Zairion, Zairion; Hakim, Agus Alim
Journal of Tropical Fisheries Management Vol. 3 No. 2 (2019): Journal of Tropical Fisheries Management
Publisher : IPB PRESS

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1207.015 KB) | DOI: 10.29244/jppt.v3i2.30434

Abstract

Undur-undur laut hidup pada habitat intertidal pantai berpasir. Identifikasi spesies akuatik sering mengalami kesalahan yang diakibatkan oleh fenomena cryptic spesies, sehingga diperlukan teknik identifikasi dengan pendekatan molekuler yaitu DNA barcoding. Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi dan menganalisis hubungan kekerabatan dari undur-undur laut berdasarkan marka molekuler gen 16S rRNA dari perairan Bantul dan Purworejo. Kit komersil berupa Gene Aid digunakan untuk isolasi dan ekstraksi DNA dan dihasilkan tiga DNA total dari setiap lokasi. DNA total dengan kualitas baik dilanjutkan pada proses amplifikasi menggunakan teknik PCR dengan primer 16S rRNA. Hasil sekuen gen 16S rRNA sampel undur-undur laut disejajarkan dengan beberapa sekuen dengan spesies lain dari genus Emerita, Scylla, dan Portunus yang berasal dari GeneBank. Validasi spesies dilakukan dengan mengunakan BLASTn. Jarak genetik dan pohon filogenik didapatkan dari program MEGA 5.0. Sampel undur-undur laut yang berasal dari Bantul dan Purworejo tidak berbeda nyata dan sampel berasal dari sumber genetik yang sama.
BURROWING TIME OF THE THREE INDONESIAN HIPPOID CRABS AFTER ARTIFICIAL DISLODGMENT Wardiatno, Yusli; Qonita, Yuyun; Hakim, Agus Alim
ILMU KELAUTAN: Indonesian Journal of Marine Sciences Vol 21, No 3 (2016): Ilmu Kelautan
Publisher : Marine Science Department Diponegoro University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (378.324 KB) | DOI: 10.14710/ik.ijms.21.3.135-142

Abstract

Three species of hippoid crabs are the target species of intertidal fishery along coastal line in District Cilacap, south Java; namely Emerita emeritus, Hippa adactyla and Albunea symmista. In Adipala sandy beach, Cilacap  an experiment was conducted to reveal the burrowing time and velocity of the crabs. The experiment was performed by removing the crabs from their burrows, measuring their carapace length, and releasing them immediately on the substrate. Burrowing time was measured from the start of burrowing to the disappearance of the entire carapace under the sediment surface. Among the three species, E. emeritus had the fastest burrowing time. As a consequence in terms of velocity, the burrowing velocity of Albunea symmista was higher than that of Hippa adactyla and Emerita emeritus; meaning that with the same size A. symmista needs longer time to burrow. By evaluating with other previous studies, the burrowing time and burrowing velocity of the three sand crabs were comparable. The ability of fast burrowing in the three species seems likely to be the advantage for their survival in large wave disturbed coarse sandy habitat and for their ability to widely exist along the sandy coast of south Java. Keywords: behavior; Indian ocean; intertidal; sand crab; south Java; swash zone
ANALISIS ORDE SUNGAI DAN DISTRIBUSI STADIA SEBAGAI DASAR PENENTUAN DAERAH PERLINDUNGAN IKAN SIDAT (ANGUILLA SPP.) DI DAS CIMANDIRI, JAWA BARAT Hakim, Agus Alim; Kamal, Mohammad Mukhlis; Butet, Nurlisa Alias; Affandi, Ridwan
Journal of Tropical Fisheries Management Vol. 3 No. 1 (2019): Journal of Tropical Fisheries Management
Publisher : IPB PRESS

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (5148.949 KB) | DOI: 10.29244/jppt.v3i1.29476

Abstract

Sungai merupakan habitat makhluk hidup dimana terjadi hubungan timbal balik antara makhluk hidup dengan lingkungannya. Sungai yang merupakan habitat ikan sidat (Anguilla spp.) harus tetap terjaga agar pertumbuhan dan perkembangan tidak terganggu serta keberadaannya tetap lestari. Ikan sidat pada stadia larva akan bermigrasi dari laut ke perairan sungai hingga hulu dan setelah dewasa akan kembali ke laut untuk memijah. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis orde sungai dan mengkaji distribusi stadia ikan sebagai dasar penentuan daerah perlindungan ikan sidat (Anguilla spp.) di DAS Cimandiri, Jawa Barat. Penelitian ini dilakukan pada bulan Desember 2014 dan April 2015 meliputi tracking sungai (pengamatan habitat sungai, pengamatan aktivitas penangkapan, dan wawancara), analisis orde sungai, dan penentuan distribusi tiap stadia ikan sidat. DAS Cimandiri memiliki panjang sebesar 69,5 km dengan komposisi sungai permanen (permanent) dan sungai periodik (intermittent) memiliki orde sungai dari 1 hingga 7. Terdapat 56 sungai permanen bagian DAS Cimandiri yang merupakan sungai dengan orde sungai 1. Sungai dengan orde sungai 1 merupakan bagian hulu yang kondisi habitat dan perairannya masih baik. Beberapa dari bagian sungai yang memiliki orde sungai 1 dapat ditetapkan sebagai daerah perlindungan ikan sidat (Anguilla spp.). Distribusi berdasarkan stadia menunjukkan bahwa ikan sidat memiliki komposisi stadia yang tercampur, tetapi glass eels terdistibusi hanya pada 5 km dari arah laut. Adanya perbedaan stadia dari setiap bagian sungai maka diperlukan pengelolaan yang berbeda pula pada masing-masing bagian sungai tersebut.
KANDUNGAN LOGAM BERAT Pb UNDUR-UNDUR LAUT DAN IMPLIKASINYA PADA KESEHATAN MANUSIA Beru Ketaren, Cyrum Barnike; Hakim, Agus Alim; Fahrudin, Achmad; Wardiyatno, Yusli
Jurnal Biologi Tropis Jurnal Biologi Tropis Vol.19 No.1 Januari-Juni 2019
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Mataram

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (446.047 KB) | DOI: 10.29303/jbt.v19i1.1066

Abstract

Abstract: The mole crab (Hippidae) is a filter feeder organism from crustacean that inhabits in sandy coastal areas. Due to its nature, this organism is able to accumulate heavy metals in a large amount. The concentration of heavy metals in this organism will increase in line with the polluting condition of its habitat. Heavy metals which exceed the standard in the organism body will be implicated to the human health who consumes the organism. The sandy crabs are found in large amount in Widara Payung coastline, Cilacap Regency. They are captured by the locals for meals. The heavy metal content such as Lead in the organism body never been investigated in this area previously. This research aimed to estimate the health risk of people who consume the sandy crabs in the area of Widara Payung, Cilacap Regency. This research was conducted on April to May 2018 and a location of sampling was determined purposively. Samples consisted of three types namely sandy crab body, sediment, and seawater. Each sample was preserved in an ice box and then transported to Aquatic Productivity and Environment Laboratory in Bogor Agricultural Univeristy for heavy metal analyzing. Results of this research exhibited that the average of Lead content in the water, sediment, and body of the sandy crab were 0.007 mg/l, 43.43 mg/kg, 0,97 mg/kg, respectively. The Lead content in the crab body the standard issued by the government of Indonesia through the BPOM, namely 0.20 mg/kg. Regular monitoring of Pb concentration in the mole crab and its habitat is suggested.  Keywords: consumption, Emerita emeritus, Hippidae, intertidal, pollution  Abstrak: Undur-undur laut (Hippopidae) adalah crustacea filter feeder yang hidup di daerah pantai intertidal berpasir. Karena sifatnya, organisme ini mampu mengakumulasi logam berat dalam jumlah besar. Konsentrasi logam berat dalam organisme ini akan meningkat sejalan dengan kondisi polusi habitatnya. Logam berat yang melebihi standar dalam tubuh organisme akan berimplikasi pada kesehatan manusia yang mengkonsumsi organisme tersebut. Undur-undur laut dapat ditemukan dalam jumlah besar di pesisir Widara Payung, Kabupaten Cilacap. Mereka ditangkap oleh penduduk setempat untuk dikonsumsi. Kandungan logam berat seperti Pb dalam tubuh undur-undur laut belum pernah diteliti di daerah ini sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi timbal (Pb) pada undur-undur laut dan implikasinya terhadap kesehatan manusia bila mengkonsumsinya di daerah Widara Payung, Kabupaten Cilacap. Penelitian dilakukan pada bulan April sampai Mei 2018 dan lokasi pengambilan sampel ditentukan secara purposif. Sampel terdiri dari tiga jenis yaitu undur-undur laut, sedimen, dan air laut. Setiap sampel yang diambil disimpan dalam kotak pendingin dan kemudian dibawa ke Laboratorium Produktivitas dan Lingkungan Perairan di Institut Pertanian Bogor untuk analisis logam berat. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa rata-rata kandungan Pb dalam air, sedimen, dan undur-undur laut masing-masing adalah 0,007 mg/l, 43,43 mg /kg, 0,97 mg/kg. Kandungan timbal dalam undur-undur laut telah melampaui standar yang telah dikeluarkan oleh pemerintah Indonesia melalui BPOM yaitu 0,20 mg/kg. Dengan nilai tersebut, konsumsi undur-undur laut memiliki resiko kesehatan pada manusia. Monitoring kandungan logam di lingkungan habitat dan pada undur-undur laut menjadi prioritas.  Kata kunci: Emerita emeritus, Hippidae, intertidal, konsumsi, pencemaran
SPECIES COMPOSITION OF FRESHWATER EELS (ANGUILLA SPP.) IN EIGHT RIVERS FLOWING TO PALABUHANRATU BAY, SUKABUMI, INDONESIA Hakim, Agus Alim; Kamal, M Mukhlis; Butet, Nurlisa A; Affandi, Ridwan
Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis Vol. 7 No. 2 (2015): Elektronik Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis
Publisher : Department of Marine Science and Technology, Faculty of Fisheries and Marine Science, IPB University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (298.365 KB) | DOI: 10.29244/jitkt.v7i2.11027

Abstract

Freshwater eel (Anguilla spp.) is a catadromus fish that migrates from freshwater into seawater for spawning and return to freshwater during larvae stage to grow. The objective of this study was to determine species composition of tropical freshwater eels based on morphology collected from several rivers flowing in to the Palabuhan Ratu Bay. Young, adult, and glass eels were caught in August 2014 until Desember 2014. Glass eels were only caught in Cimandiri River. Freshwater eels were classified by ano-dorsal length (AD) divided by total length (TL), cluster analysis, and discriminant analysis based on morphometric data. The results showed different AD/TL of young and adult, i.e., 1.93±0.51 for A. bicolor bicolor, and 16.99±0.65 for A. marmorata, and three different AD/TL of glass eels i.e.,1.72±1.05 for A. bicolor bicolor6.60±1.79 for A. nebulosa nebulosa, and 15.07±1.04 for A. marmorata. Cluster analysis showed three groups of population  characters of young and adult eels i.e.  A. bicolor bicolor (2 groups) and A. marmorata (1 group). Discriminant analysis showed three groups of glass eels population i.e., A. bicolor bicolor, A. nebulosa nebulosa, and A. marmorata. Morphological identification showed that young and adult eels in Cibareno  and Citepus rivers had two species i.e., A. bicolor bicolor and A. marmorata. Glass eels from Cimandiri river had three species i.e., A. bicolorbicolor, A. nebulosanebulosa, and A. marmorata. A. bicolor bicolor was found in each rivers and as a dominant species in Palabuhan Ratu Bay.Keywords: A. bicolor bicolor, A. marmorata, A. nebulosa nebulosa, species composition
SPAWNING AND DEVELOPMENT OF DOG CONCH STROMBUS SP. LARVAE IN THE LABORATORY Muzahar, .; Hakim, Agus Alim
Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis Vol. 10 No. 1 (2018): Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis
Publisher : Department of Marine Science and Technology, Faculty of Fisheries and Marine Science, IPB University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (471.306 KB) | DOI: 10.29244/jitkt.v10i1.18607

Abstract

An intensive exploitation of dog conch Strombus sp. in Tanjungpinang city coastal waters has occurred because the increasing number of fishermen, population growth and demand. In addition, the increasing activities of bauxite mining cause the declining in quality of waters around dog conch, thus providing ecological pressure that endangers sustainability of the dog conch. The purpose of this study was to observe the spawning and development of dog conch in the laboratory. Spawning was done in aquarium with 100 liters of seawater (salinity: 26±1 ppt), with stimulation of spawning performed by changing 90% water volume every day until the female issued the eggs. The female issued the eggs on the third and fourth days of stimulation. Eggs are attached to the wall of the aquarium. Egg cell division occurs after about 2 hours of the egg is released the mother, from one cell into two cells and a row into four cells, eight cells, the sixteen cells, thirty-two cells to multicellular. The embryo develops into a gastrula phase than trochophore phase. Larvae were reared in a tank containing 20 liters of seawater (salinity: 26±1 ppt). Veliger larvae occurred on the fifth day until the eleventh day. Veliger larvae are planktonic, and turn into benthic with a sedentary life in the bottom waters to begin the formation of a thin and transparent shell. The value of water quality parameters during maintenance category feasible: DO of 7.6 to 7.8 mg / L; pH of 8.13 to 8.33; turbidity of 1.97 to 3.90 NTU, salinity of 26.8 to 27.8 ppt; and temperature of 25.8-27.8°C.
DINAMIKA POPULASI LOBSTER PASIR (Panulirus homarus Linnaeus, 1758) DI PERAIRAN PALABUHANRATU, JAWA BARAT Zairion, Zairion; Islamiati, Nefi; Wardiatno, Yusli; Mashar, Ali; Wahyudin, Rudi Alek; Hakim, Agus Alim
Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia Vol 23, No 3 (2017): (September 2017)
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan, Badan Penelitian dan Pengembangan Kelautan da

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (301.878 KB) | DOI: 10.15578/jppi.23.3.2017.215-226

Abstract

Dinamika populasi merupakan aspek penting sebagai dasar pengelolaan perikanan dan informasi tentang aspek tersebut pada lobster pasir masih minim di perairan Palabuhanratu. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji aspek pertumbuhan, pola rekrutmen, mortalitas dan laju eksploitasi lobster pasir (Panulirus homarus) di perairan Palabuhanratu. Penelitian ini dilakukan periode Juni 2015-Mei 2016 dengan metode sensus. Lobster pasir hasil tangkapan jaring insang dasar dengan jumlah total sampel 483 ekor mempunyai panjang karapas antara 28-100 mm. Pola pertumbuhan berdasarkan hasil regresi linear memperlihatkan allometrik negatif. Hasil analisis menggunakan metode ELEFAN I (Electronic Length Frequency Analysis) menunjukan koefisien pertumbuhan lobster pasir jantan (K = 0,29 per tahun), lebih kecil dibandingkan dengan betina (K = 0,40 per tahun). Rekrutmen terindikasi dua puncak dalam setahun: yaitu pada Februari-Mei dan September-Oktober). Laju mortalitaskarena penangkapan (F) mencapai 1,9-2,2 kali laju mortalitas alami (M). Nilai Lc<Lrmemperlihatkan lobster pasir sudah tertangkap sebelum mencapaiukuran rata-rata mengerami telur atau ukuran kematangan reproduktif. Laju eksploitasi lobster pasir mencapai 32-38% di atas laju eksploitasi optimum, sehingga lobster pasir sudah mengalamieksploitasi yang berlebih.Population dynamics is an important aspect as basic of fisheries management and little information of this aspect for spiny lobster fishery in Pelabuhanratu waters. This research aims to evaluate of growth aspects, recruitment pattern, mortality, and exploitation rate of scalloped spiny lobster (Panulirus homarus) in Palabuhanratu waters. This research was conducted in June 2015 until May 2016 using census method. The size of P. homarus captured using bottom gill-net with total sample 483 specimen was between 28-100 mm carapace lengths (CL). Linear regression showed that growth pattern was negative allometric. The growth coefficient of male (K = 0.29 per year) was found smaller than female (K = 0.40 per year) based on ELEFAN I (Electronic Length Frequency Analysis) method. Recruitment seems to be accrued twice peaks a year (February to May and September to October) and the highest was at February to May. Fishing mortality (F) reached 1.9 to 2.2 times of natural mortality (M). The LcÂLr value showed that female has been caught before reached the average size of bearing eggs or reproductive maturity size. The exploitation rate of spiny lobsters reaches 32-38% above optimum level. This study suggests that the spiny lobster fishery in Palabuhanratu in the state of overexploitation.